大雄宝殿东西两侧配殿各3间，东西各有御碑一座。东碑阳"乾六年仲冬所立"的《修万寿寺碑记》，以汉、满两种文字刻写；阴面书刻1791年乾隆御笔诗一首。西碑阳面为《敕修万寿寺碑记》的蒙、梵两种文字书刻；阴面书刻清1787年孟夏乾隆御笔诗一首。庭中有古柏两株。
大雄宝殿的西配殿也是万寿寺珍藏佛像的地方，走进殿内门，迎面是一尊宗喀巴大师半米高的坐像。另外还有十几尊铸铜藏传佛像和各种藏传佛教的法器。
清代皇家寺庙，均信奉是藏传佛教。这里供奉着这位藏传佛教中格鲁派的创始人的塑像，说明这里也是信奉格鲁教的。格鲁教是藏传佛教的最大一支教派，历代班禅大师和达赖喇嘛急皆是宗喀巴大师的转世弟子，在佛教界的地位可想而知。
大雄宝殿后面是万寿阁，原名安宁阁，阁有八角，阁前额题"欢喜坚固"。后因不慎失火而被焚毁，只有东西配殿保持原状，东为大圆满殿，西为普度众生殿，皆为面阔3间的歇山顶式建筑。
大禅堂建于明代1577年，清代重修，面宽5间，面阔23.09米，进深15.25米，硬山顶，原为寺内主持讲经说法及全寺僧众诵经坐禅作佛事的场所。
两侧各有配殿各3间，硬山顶，与万寿阁东西配殿间各有廊房7间相连，其进深稍小于配殿之进深。
大禅堂后建有3座假山，假山整体结构分为3组，各寓意南海普陀、五台清凉、峨眉三大佛教名山。
山上分为三大士殿，各有3间小殿，正为观音殿，额题"声闻普遍"，悬山雕大脊，木架结构饰以旋子彩绘，金龙枋心。观音像的莲花底座有千瓣，每一瓣都是一尊佛，据说拜此佛便得普天下众佛庇佑。
观音殿左为文殊殿，右为普贤殿，三殿之间有回廊。各殿所在的假山，即象征所传三大菩萨显灵说法的道场：普陀、清凉和峨眉三山。
更奇特的是，三大士殿每一块石头都颇有来历，中间的来自普陀山，西侧的来自峨眉山，东侧的来自五台山，全是几百年三大仙山的灵石堆成，三山间沟壑相连，上以石桥相通，千曲百回，跌宕起伏。
山下又有池、桥，观音殿下假山洞内为地藏洞地藏宫，系四大菩萨之一的地藏菩萨的供奉之所。在这里，可以让人一时间便拜了三大名山之四大佛祖。
佛教三大名山之百年灵石和万寿寺前流淌的"长河"形成前有水后有山的"风水"格局。两棵雌雄银杏古树镇守在山后两侧，饱经沧桑的虬干枝叶高耸入云。山间还有古树十余株，在假山下有仙桥水池，假山后有御碑亭，八角攒尖，饰有旋子彩绘，亭内有碑一通。
无量寿佛殿在假山北，为3间之重檐方阁。无量佛殿两侧原有巴洛克式月亮门两座，建于清乾隆年间，与圆明园之西洋楼同龄，皆为中西结合之产物。门上券顶雕刻繁复精美，带有明显的时代特征和皇家特征。
无量佛殿原供有无量寿铜佛，后已无存。佛坛上后置从原长椿寺内几经磨难辗转而后存于万寿寺的一座13层渗金多宝佛铜塔，乃北京地区罕见的佛教珍品，塔身雕刻有288尊佛像，全塔人物造像共440尊，龙、兽类造像共40尊，形态各异，精美绝伦。
阁之前后，各有六角重檐御碑亭一座，内为1761年乾隆下诏所立之《重修万寿寺碑文》，亭内碑高3.96米，前亭碑刻汉、满两种文字，后亭原告刻蒙、梵两种文字。碑文由清户部尚书翁同龢奉敕敬书。
殿与碑亭均覆以黄琉璃瓦。殿两侧有圆门锦宫墙，分隔庭院为前后两院，前为假山院，后为三圣殿，二层硬山楼，面宽7间。
楼下三圣殿，原额书"法云常住"。三圣殿南面联曰：性海波澄，静涵功德水；
福林萌博，妙涌吉祥云。
三圣殿北面联曰：甘露酒诸天，现清净身，说平等法；
慈航超彼岸，以自在力，显大神通。
这些题额及楹联均为清乾隆皇帝御书，可惜大部已无存。但楼旁设十景亭，为清代后期的雕刻艺术。
最后第七进院是二层木结构的万佛楼，也称藏经楼，面阔7间，进深3间。万佛楼内原供奉5尊坐佛，后已不存在。
在万佛楼前，建有一座1884年光绪皇帝所立之碑亭，是为庆祝慈禧六旬大寿所修，形制与清乾隆御碑亭相同。
万佛楼西侧配殿长生殿内，除一座金身玉观音外，最独特的就算一座"凤上龙下"的慈禧亲书"寿"字石碑了，碑顶为双凤朝阳，碑身随处可见凤纹在上，龙纹在下。
万寿寺东路为方丈院，除南向有门外，可由无量寿佛殿东之侧门入，原有僧房、香积厨、斋堂、职事堂和荣堂即接待室等。
西路是行宫部分，为清乾隆年间修建，靠前部分有四小院落，被中间夹道一分为二。左为寿膳房，右为寿茶房，其后是皇帝、太后驻跸之行殿。行殿之后两侧有爬山游廊，通过小亭到后楼。相传，清末慈禧太后曾于此梳妆，故称"梳妆楼"。院内房舍甚多，建筑华丽。
再后有大悲殿及配殿，院中有一井亭，是专为皇帝讲经之所。东路是方丈院。前部有大斋堂，大厨房及僧舍，中为斋堂、前宇、南房，斋堂之后为土山，最后是独院。
清代时，皇室以水陆两路由宫内颐和园和西山游幸时皆在此停留休憩，烧香礼佛。慈禧太后去颐和园，必到万寿寺拈香礼佛，在西跨院行宫吃茶点，故万寿寺有"京西小故宫"之誉。
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