二者各有特主要区别是，学校历史、学校属性不同、主要奖项不具体如下：
一、学校历同
1、无锡市第三高级中学
无锡市第三高级中学，前身主体为无锡市第三中学，无锡市第三中学前身为私立无锡中学，创办历史最早可追溯到公元1920年。2000年7月，无锡市第三高级中学由无锡市第三中学与无锡市中山高中(原市八中，校址在近代无锡教育渊薮之地的“孔庙学宫”)合并组建。2001年5月，建成江苏省重点中学。2006年7月，晋升为江苏省四星级高中。2009年7月，实施易地扩建。2010年，整体搬迁至无锡市新区。
2、无锡市第六高级中学
学校前身为创办于1941年的“念春小学”，1943年并入育英初中班，更名为“念春中小学”1956年改名为“无锡市第六中学”并增设高中部，成为全日制完全中学。2002年正式更名为“无锡市第六高级中学”。
二、学校属性不同
1、无锡市第三高级中学
江苏省重点中学。
2、无锡市第六高级中学
高级中学。
三、主要奖项不同
1、无锡市第三高级中学
全国18岁成人仪式教育活动优秀组织单位、江苏省德育先进学校、江苏省“贯彻落实体育、卫生两个《条例》”优秀学校。
2、无锡市第六高级中学
“江苏省教育先进单位”、“先进基层党组织”。
参考资料来源：百度百科-无锡市第三高级中学
参考资料来源：百度百科-无锡市第六高级中学
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