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微生物识别癌症：里程碑式研究被指重大数据错误，原作者不服
2023-08-07 14:44阅读(121)
《科学》（Science）杂志的一篇文章引发争议，该文章主要讲述近期科学领域的一场激烈辩论，称一项里程碑式的研究可能存在“重大错误”，但被指存在错误的科学家
《科学》（Science）杂志的一篇文章引发争议，该文章主要讲述近期科学领域的一场激烈辩论，称一项里程碑式的研究可能存在“重大错误”，但被指存在错误的科学家表示不服。
当地时间2020年3月11日，《自然》（Nature）杂志刊登一篇名为《血液和组织的微生物组分析提示癌症诊断方法》）的论文在当地时间2023年7月31日引起怀疑，美国加州大学圣地亚哥分校罗伯·奈特（Rob Knight）等科学家表明不同类型的癌症与不同的微生物群落有关。他们使用人工智能梳理出可以提示特定癌症的微生物DNA，并提出了“一类基于微生物组的新型癌症诊断工具”。
就任于美国约翰霍普金斯大学的教授史蒂文· 萨尔茨伯格（Steven L. Salzberg）等人声称奈特等人2020年的论文存在“重大数据分析错误”，也进一步指出奈特等人未能正确地从测序的癌症组织数据库中过滤出人类DNA，这导致数以百万计的人类基因序列被错误地归类为微生物。“这篇论文的主要结论是完全错误的。
但是原作者奈特不认可这些批评，奈特指出在2023年1月也曾有一些科学家对论文提出质疑，但是实验室已经在2023年2月发表的预印本中作出官方回应。但是旁观的研究人员也提出这次萨尔茨伯格等人针对奈特团队2020年的论文提出了更多缺陷，而且论点充足，英国剑桥大学的专业细菌遗传学家朱利安·帕克希尔（Julian Parkhill）表述：这是对原始论文错误之处的精准拆解。多位研究人员告诉《科学》杂志，微生物组科学具有研究生物医学的前景，目前许多其他研究小组已经将微生物与特定的癌症联系起来。此次辩论是有价值的，“这场辩论为严重依赖计算方法的微生物组研究提供了一个警示。人们对出版物的内容缺乏质疑，科学也需要有人做这类分析。”
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