胆管癌的病因至今尚不十分清楚，已发现与下列因素有关：
1、胆管慢性炎症：长期的慢性炎症，刺激是胆管癌发生的基础。
2、胆石症。
3、溃疡性结肠炎：溃疡性结肠炎患者胆管癌发生率较一般人群高10倍，可能与慢性门静脉菌血症有关。
4、胆管囊性畸形：先天性胆管囊肿病人胆管癌的发病率高达2.5%~28%，癌变机制认为可能与胰液反流、胆汁淤滞，结石形成和囊腔内慢性炎症等有关。
5、硬化性胆管炎：原发性硬化性胆管炎病人患胆管癌机会高于一般人群。
6、Kmas基因突变：近年来分子生物学研究表明胆管癌Kas基因12密码子突变率达74%，说明Kas基因突变在胆管癌的发生中可能起较重要的作用。
7、肝吸虫感染、胆管手术史、放射性二氧化钍、乙型肝炎病毒感染等。
