目前尚无特效药，以经验治疗为主。
1. 抑制胃酸分泌
适用于上腹痛、灼热感为主的病人，可以选择法莫替丁、PPI、尼扎替丁、雷尼替丁等。这些药起效快，对于恶心、反酸、易饥饿等现象有一定的缓解作用。
2. 促进胃肠动力药物
适用于餐后饱胀、早饱为主的病人，可以选用多潘立酮、莫沙必利、依托必利等。对于效果不明显的患者，可以联合使用抑制胃酸分泌药物和促进胃肠动力药物。
3. 促进消化药物
消化酶制剂可以以作为治疗消化不良的辅助药物，改善与饮食相关的上腹胀、食欲差等症状。
4. 抗抑郁药物
上述药物治疗效果不明显并且伴有精神症状患者可以试用，包括阿米替林、帕罗西汀等，从小剂量开始服用，注意不良反应。
