肠道菌群失调症是由多种因素引起的，通常与下列因素有关：
1、药物因素：抗生素、免疫抑制剂、细胞毒性药物、激素、抗肿瘤药等药物均可能引起肠道菌群失调。尤其是长期使用广谱抗生素可使肠道敏感菌被抑制，耐药菌过量繁殖，这是导致肠道菌群失调最常见的原因。
2、饮食习惯：不良的饮食习惯会破坏肠道菌群的平衡，科学研究表明高脂肪、低纤维饮食均可能破坏肠道菌群的平衡。
3、年龄因素：肠道菌群的平衡可随着年龄的增高而改变，老年人肠道内双歧杆菌数量显著减少，肠杆菌、肠球菌数量增加。
4、肠道动力异常：肠道动力异常时可使细菌在肠道内停留的时间变长、大量繁殖，促使肠道菌群失调。
5、肠道免疫功能障碍：肠道黏膜浆细胞能产生大量对肠道细菌有抑制作用的免疫球蛋白，当肠道免疫功能出现能障碍时，该类免疫球蛋白缺乏，肠道细菌会因失去调控而过度繁殖，造成肠道菌群失调。
6、其他：外伤、重症感染、手术、化学物品、精神疾病、肿瘤等均可导致肠道菌群失调。
