历史是复杂的，清朝之所以会把澳门主权拱手让给葡萄牙，并不仅仅是丧权辱国那么简单，而是综合因素造成的结果。
葡萄牙窃据澳门一事，最初可以追溯到1553年。在此之前，葡萄牙的选择并不是澳门，而是屯门，也就是今天香港的西部地区。正德年间，葡萄牙曾率军窃居屯门，但由于兵力不足，加之火药耗尽，遂被明朝水军逼退，这才辗转来到澳门。1553年，葡萄牙人借口晾晒货物，登上澳门，并贿赂广东海道副使汪柏，希望在澳门进行贸易。汪柏除收受了贿赂，还寄希望于葡萄牙人能为他提供稀有的龙涎香，以便进贡至宫廷，谋求职位上的晋升，遂允准了葡萄牙所求，但要求交易之后必须立即拔锚离开，不得滞留。
随后，葡萄牙人开始进一步谋求对澳门的窃据。1557年，葡萄牙人开始在澳门设立定居点。1582年，葡萄牙人与明廷订立了借地协约，葡萄牙方面每年要向明朝广东香山县支付500两白银的租金。此后，葡萄牙开始在澳门设立市政厅，修筑炮台的设施。
清朝建立之后，澳葡方面立即宣布效忠清廷，除按时支付租金外，还允许清廷向澳门商人收税。清廷见澳葡恭顺，遂允许葡萄牙方面代守险要。
除了澳葡方面比较恭顺之外，清朝之所以会延续澳门的现状，还有一些其他原因。首先说，葡萄牙久居澳门，渐成规模，西方各国来华贸易的商船都会选择在澳门停留，补充给养等。清朝认识到澳门作为对外开放的窗口和支点，其作用甚大，更是为了避免洋人在广州滞留时间过长，引起事端，所以决定维持现状。另外，清中期以来广东沿海的海盗问题频发，而澳葡方面则在清廷围剿海盗的过程中起到重要甚至是决定性的作用。
总而言之，在晚清之前，葡萄牙对于清廷有着几乎是不可替代的价值，加之澳门地处偏远，清廷无力照拂，遂决定维持现状，但澳门的主权始终在明清两朝政府的手中，这点是无可质疑的。
而清朝后来之所以放弃澳门的主权，从某种意义上来说，是其身处列强夹缝之中既无奈又务实的最优选项。
鸦片战争战败后，列强意识到清朝外强中干的本质，开始纷纷向清朝示威。1842年葡萄牙向清廷提出豁免租金，并派兵驻防澳门半岛。1845年，葡萄牙女王玛丽雅二世单方面宣布澳门为自由港，各国商船开始进入澳门停泊贸易。1849年，澳葡单方面停止向清廷缴纳地租，并逐渐向澳门半岛周边扩张势力，1851年侵占氹仔，1863年侵占塔石、沙冈、新桥、沙梨头，1864年侵占路环，1879年侵占龙田，1883年侵占望厦、荔枝湾 、石澳及青洲等地。
与此同时，葡萄牙一直没有放弃通过谈判夺取澳门主权的希望，1864年和1868年，葡方两次向清廷总理衙门提出订立相关通商条约。但此时清朝风气渐开，早就认识到葡萄牙国力有限，总理衙门遂对葡方的照会置若罔闻。
但国际局势瞬息万变，进入19世纪80年代以后，随着法国入侵东南亚地区以及我国广西和东南沿海一带，连带着对澳门也起了觊觎之心。
面对法国的野心，葡萄牙方面自知不敌，所以召开议会商讨，拟通过澳门和葡属几内亚来交换法属刚果。清廷总理衙门闻讯，担心澳门一旦落入法国之手，会给广东、广西等省份带来更大的威胁，加之清廷此时正打算在香港、澳门两地实行鸦片税厘并征，以便增加财政收入，所以更倾向于由葡萄牙继续管理澳门。同时，英国也担心法国的介入会影响到它的既得利益，所以英国也愿意帮助葡萄牙尽快确定澳门的主权问题。
清朝、葡萄牙和英国三方立即达成共识，于是由清廷海关总税务司赫德出面，与澳门总督罗沙敲定了相关条款，但总理衙门认为有些条款开价太高，不予认可，葡萄牙亦急于占领澳门，遂做出让步。双方于1887年3月在葡萄牙里斯本初步签订了草约。
但当年7月，澳门总督罗沙前往北京正式签署条约时，向总理衙门呈送了一份地图，地图上故意将大量周边区域划入澳门属地。总理衙门认为不妥，并提出有权引渡逃入澳门罪犯的要求，签约之事被拖延。
双方经过进一步磋商，葡萄牙最终放弃了对所谓澳门属地的主权要求，并撤销澳外关卡，允许清朝从澳门引渡罪犯。1887年12月1日，清朝与葡萄牙正式签订了《中葡和好通商条约》。条约规定，葡萄牙永居管理澳门，但未经中国同意，葡萄牙不得将澳门转让给他国。自此，中国对澳门的主权才真正丧失。
