个人看法，仅供参考：长远考虑个人倾向市场监管局，着眼当下可以选机关事务管理局。
一、机构性质
市场监管局和机关事务管理局都是政府组成部门。其中，市场监管局由原来的工商局、质监局、食品药品监督管理局三个职能部门整合发改、商务等部门部分职责重新组建而成，人员随职能整体转隶，机关人员都是公务员。机关事务管理局在2018年党政机构改革前，不少是参公性质，改革后多数剥离行政职能转公益，改为了机关事务服务中心，不再允许“事业局”出现，少数机关事务管理部门特别是地市级以上机关事务管理服务部门保留了行政职责，由参公转行政，列入到了政府组成部门序列。也就是说，现在机关事务管理部门只要挂“局”字样的肯定是行政机关，人员使用行政编制即公务员。两个单位在机构和人员身份性质上是一样的，同理在工资待遇等方面也没有区别。
二、发展空间
同为政府组成部门，市场监管局和机关事务管理局的行政级别是一样的。以地市级为例，都是正处级单位。因此表面看，两个单位的晋升空间没什么两样，实际由于单位架构等方面区别，在个人晋升上存在一定差距。市场监管局的优势是盘子大、职数多。同样以地级市为例，不说机关，单二层机构，市场监管局就有十几个副处级单位，比如综合执法支队、计量所、质检中心等，可以解决很多人的提拔晋升问题。而因为摊子大人数多，市场监管局的职级名额也比较多，不能提拔实职，晋升职级相对来说也比较容易。在这些方面，机关事务管理局就要逊色许多，其唯一也是最大的优势就是保障领导、靠近领导，有机会获得更多契机，但这也仅仅是少数领导才有这样的机遇，其他多数人晋升整体仍比较受限。当然，市场监管局虽然有摊子优势，可毕竟刚成立，需要消化大量超职超岗超编人员，短期内很难实现人员和岗位的匹配，因此不可避免会有干部积压问题，这也是市场监管局现阶段比较明显的缺陷。而在这方面，机关事务管理局要好很多。
三、工作环境
市场监管局三局合并，原本面对的就是涉及百姓民生的问题，合并整合入很多部门的职责后，摊子更大，职能更全，当然工作压力和责任也更大，加班加点是常事，而且因为事杂事急，往往也会出现很多意想不到的麻烦。相对而言，机关事务管理局的工作虽然也很杂，但因为职责单一、服务对象单一且素质普遍更高，整体要纯粹、安逸很多。
综合比较，两个单位工资待遇没有区别。在发展前景上，市场监管局更有优势，而机关事务管理局更稳定安逸，各有利弊，关键看个人想法。从长远来看，个人更倾向于市场监管局，有利于能力提升和个人晋升，但如果想轻松点，也可以考虑机关事务管理局。
