“妖书案”此起彼伏，两次掀起了明朝政局的波澜，朝中各种势力的高官卷入其中，争斗状况十分复杂，其案情的发展，连卷入其中的被卷入其中的太子、福王、后宫嫔妃、内阁大臣等，都没有料到会掀起那么大的波澜。被称为“妖书”的其实是分别在万历二十六年（1598年）和万历三十一年（1603年）出现的《忧危竑议》和《续忧危竑议》。
可是，“妖书案”起因于却是由一本记载历史上贤妇烈女事迹的《闺范图说》，这《闺范图说》原本是一本论题和记述很正统的书，丝毫也没有“妖气”，没有不正言语，可是，它的刊印却引来了复杂的奇案，并被狡黠阴险之人借以利用，演绎成晚明的一大奇案，暴露了明万历年间的各种矛盾，也表明了当时朝中的内耗已侵蚀折明朝的政治机体，衰败迹象逐渐显现。
万历十八年（1590年），时任山西按察使的著名大儒吕坤，采辑了历史上贤妇烈女的事迹，编成一本称为《闺范图说》的书。吕坤是一位大儒，崇尚儒家学说，为贤妇烈女著书立传本属于是很正常的事，这原本是一件传播女德的好事，是值得赞赏的儒士的善举。
可是，说来也巧，《闺范图说》被一位叫陈矩的宦官看到了，而这位宦官又是一位一直想找机会往上爬的谋权者。看到该书之后，他很识货，感到该书对他有用，于是，他带了一本回宫，将该书呈给后宫的郑贵妃看。郑贵妃果然很喜欢该书，她也觉得该书编得很好，颂扬贤妇烈女，这是她所喜欢的内容，她感到该书为她提供了抬高她自己的机会，于是，她令人对该书增补二十位贤妇，并以东汉明德皇后为开篇，而将她作为列在最后一篇。此外，她还亲自写了一篇序言。增编的书写完后，郑贵妃她指令她的伯父郑承恩及兄弟郑国泰重新刊刻，很快推出修了增编的《闺范图说》。
《闺范图说》
如此一来，《闺范图说》就有两种版本，大儒吕坤编著的原版书和郑贵妃下令增编书的新版书，但两书编写的目大不一样，吕坤便该书是为了宣扬女德，而郑贵妃令人增编该书却是为了抬高她自己。
编书的事原本已经完成了，吕坤也不再注意有关该书的事。于是，他专心于政事，后来，吕坤升任刑部侍郎，他忧心国事，遂向神宗皇帝上呈《天下安危疏》，建议朝廷停止暴增税赋，改编敛财政策，以安定民心，施行仁政。显然，吕坤是出于忠心，尽其职守才上书的，为的是改变明王朝的政策弊端，以维护皇权的统治，这是善心。
可是，朝中妒忌和敌视吕坤的朝臣却抓住吕坤上书皇帝的事来大作文章。
居心叵测的吏科给事中戴士衡将吕坤的《天下安危疏》与吕坤之前所编写的《闺范图说》联系起来，弹劾吕坤，戴士衡认定吕坤之前编撰《闺范图说》与此次上疏是前后相连的，是造就策划好的行动，是心机险恶，别有用心，其目的是利用《闺范图说》，巴结宫闱，图谋不轨，是肆意逢迎郑贵妃，想升官要权。
吕坤无端被弹劾，他感到自己很冤枉，他当然不愿意承认自己有险恶用心，他上书为自己作辩护，向皇帝表明自己是清白的：
一是他之前编书是为了宣传女德。他于万历十八年按察使任上所编印的四册《闺范图说》，是为了明女教，扬女德，只是因为该书刻印比较多，传播比较广，受到了很多人的关注，但他根本就没有预料到会有出现增编的事。
二是他奏请皇上派官员调查《闺范图说》刻印之后的实际影响，让九卿科道将之前他所编刻的《闺范图说》与郑承恩所刻的增编本进行对照检查，看看是不是他真的包藏祸心？
其实，吕坤编写《闺范图说》是善意，是为了宣扬女德，并没有包藏祸心，倒是弹劾他的戴士衡包藏祸心。吕坤所编的书后来被改编了，重新刊刻了，这是郑贵妃、郑承恩所做的事，是郑贵妃为了抬高自己利用了吕坤所编的书，这与没有任何关系。吕坤编该书时是地方官员，根本就没有进宫的资格，更没有巴结后宫的机会，戴士衡说他巴结宫闱是污蔑。
戴士衡的弹劾根据不足，或许神宗皇帝也看出了戴的弹劾理由足充分，加上神宗帝宠爱郑贵妃，《闺范图说》增编的事是郑贵妃指使的，明神宗不想让事情扩大，于是，便把弹劾的事搁置了，不再调查，事情很快就平息了。
明神宗（剧照）
第二，《忧危竑议》突现，“妖书”起波澜
在尔无我虞的政坛上，暗流涌动，原本已经平息的《闺范图说》事件再起波澜。权力斗争促使一些别有用心的人总喜欢故意惹出事端。
京师突然出现传播着一篇奇怪文章，有人以“燕山朱东吉”为笔名，特意为《闺范图说》写了一篇跋文，题目叫做《忧危竑议》，这显然是故意让人们联想到此前吕坤的《天下安危疏》，其用心是很明显的，为的是借助于之前的《闺范》事件，再次掀起波澜。
《忧危竑议》被印成传单，在京师四处传播，闹得沸沸扬扬，朝野议论纷纷。
此时，更为叵测的传言出现了，有人对“朱东吉”这一署名进行解读，认为这署名的意思是说：朱王朝的东宫太子必定吉祥，所以才称“朱东吉”。
同时，对“忧危竑议”这一跋文的题目也有解读，认为是对吕坤所上呈的《忧危疏》进行发挥和弘扬，是阐发吕坤原来的观点。
其实，吕坤这一回又蒙冤了，吕坤在他的《忧危疏》里根本就没有提到关于东宫的事，对立太子的事一直未提。可是，《忧危竑议》这一篇跋文，却故意以问答的表述方式，大谈特谈历史上嫡庶废立之事，将论题故意引向当时朝中特别敏感的关于“国本”之争的问题上。
显然，署名“燕山朱东吉”所炮制的《忧危竑议》有一个险恶用心，就是故意将增编的《闺范图说》拿来说事，让人们把关于嫡庶废立之争与该书以东汉明德皇后开篇、以郑贵妃为结尾篇的内容联系起来，借此来攻击吕坤是为了讨好后宫。
《忧危竑议》的炮制者用心险恶，在文中提出了两个十分尖锐的观点：一是认为郑贵妃增编《闺范图说》是为了抬高自己的地位，并为她儿子夺取太子之位增加筹码，而吕坤编《闺范》是为了讨好郑贵妃；二是指出吕坤在原来的奏疏中处处表示心忧天下，却避开立太子之事，此乃欲盖弥彰，是居心叵测；三是吕坤与外戚郑承恩、户部侍郎张养蒙、山西巡抚魏允贞等九位内外大臣勾结，结党营私，暗中依附后宫郑贵妃，欲谋重立太子之举。
“燕山朱东吉”的这一篇神秘莫测、含沙射影的跋文一出，立即在朝内外引起了轩然大波。此文一出，便被称为是“妖书”，作者扑朔迷离，用心十分险恶。于是，搞不清真相的朝内外大臣和好事的学者，纷纷把矛头指向《闺范图说》的原作者和《忧危疏》上呈者吕坤。吕坤编书、上疏原是忠臣之举，但却引来朝臣的质疑和指责，蒙受不白之冤，他一时感到十分忧惧，便称病致仕，回到了他的家乡，避开朝中的政治漩涡。
吕坤画像
吕坤离开了朝廷，“妖书案”的波澜并没有平息。明神宗看到《忧危竑议》之后，这回难以容忍了，他对出现如此胆大妄为的“妖书”感到十分愤怒，虽然事关郑贵妃，不便公开下旨严查，但他若是不查，便将有损帝王的威严，于是，他下旨东厂、锦衣卫等秘密查办。
此时，《忧危竑议》中被指出姓名的一个重要人物害怕了，这个人就是郑贵妃伯父郑承恩，原本他就与郑贵妃密谋，想推郑贵妃的儿子朱常洵为太子，“妖书”提到他的名字，他担心卷入“妖书案”被查密谋立储之事，因而，他感到必须先下手为强。他派出亲信暗中侦查。经暗查发现，全椒知县樊玉衡此前曾上疏言及“国本”之事，在奏疏中，他指斥郑贵妃，而原吏科给事中戴士横此前曾弹劾过吕坤，这两人之前在朝中的举动让郑承恩怀疑可能与《忧危竑议》有关系，于是，郑承恩便认为《忧危竑议》是由戴士衡和樊玉衡所秘密编撰的。
“妖书案”传至宫里，郑贵妃知道后，多次在明神宗面前泣诉、吵闹，神宗感到很头痛，为了把让事情尽快平息，他先是亲下谕旨，解释说《闺范》一书是他亲赐郑贵妃的，因为《闺范》的主要内容与《女鉴》一书主旨很相似，他赐该书给郑贵妃，让他可经常阅读，接着，神宗根据郑承恩的报告，连夜下旨秘密逮捕了樊玉衡和戴士衡，让东厂对两人严刑拷打，最后以“结党造书，妄指宫禁，干扰大典，惑世诬人”的罪名，将樊玉衡贬官至广东雷州，将戴士衡贬至广东廉州，让他们去守边防。
由于神宗皇帝为了袒护郑贵妃，不想让事情扩大，第一次“妖书案”就这样平息了，这一次并没有引发朝局的巨大动荡，可是，神宗皇帝心里也清楚，《忧危竑议》并非是樊玉衡和戴士衡所炮制的，朝中很多大臣也不相信是樊玉衡和戴士衡所为，但真相如何，一直没有弄清楚。
第三，京师又冒出了《续忧危竑议》，“妖书案”掀起更大波澜
五年之后，早已被人淡忘的“妖书案”再起波澜。万历三十一年（1603年）十一月十一日清早，另一篇”妖书“突然出现。
京师四处出现了一份题为《续忧危竑议》的揭帖，其中，内阁大学士朱赓家门口就有一份，这是一份极不寻常的揭帖。
其一，揭帖的标题令人遐想，炮制者故意将揭帖取名为《续忧危竑议》，这显然是有意让人们将其与第一次“妖书案”联系起来，之前的“妖书”真相还没有彻底搞清楚，这一次又出现了更加扑朔迷离的“妖书”，这是存心要让朝中大臣卷入更刺激的议案。
其二，揭帖直接指向当时朝廷十分敏感的立储之争，毫不隐晦，所谈的问题十分尖锐，是当时朝野最为关注的论题，极具刺激性。
其三，揭帖署名为“郑福成”，暗藏玄机。何为“郑福成”呢？是暗指郑贵妃之子福王朱常洵立为太子之事必成。这意味着之前立神宗帝的长子朱常洛为皇太子，是出于朝臣的压力，是不得已的，神宗帝日后日必改立朱常洵为太子。也就是说，郑贵妃图谋废太子而册立她的儿子为储君的将会实现。
其三，揭帖被放在内阁大学士朱赓家门口，这是有寓意的，“朱赓”的“赓”与“更”同音，暗寓着“更易”之意，朱赓是因为他的名字有一个“赓”字，暗含“更易”，所以他才会被选入阁。这显然意欲将朱赓卷入立储的阴谋中。
这一篇三百多字的揭帖直指当时立储的敏感问题，其论题围绕着“国本”展开，而炮制者的真实身份和基本立场却让朝中大臣们感到扑朔迷离，揭帖观点的尖锐性，所把握时机的及时，以及作者的神秘性，还有传播的广泛性，使它立即在京师掀起了悍然大波，成了朝野热议的话题，也触及到神宗帝的敏感神经。
明神宗朱翊钧听到关于神秘揭帖的内容之后，雷霆震怒，忍无可忍，此次他不再采用密查的方式了，他立即下令东厂、锦衣卫以及五城巡捕衙门等派出人员侦查，严令一定要找到书写该贴的人。这一次的“妖书案”以轰动性的方式震动朝野。
神宗皇帝画像
明神宗知揭帖后为何会如此震怒呢？这与第一次“妖书案之后便展开的“国本之争”有密切的关系，当时，明神宗正面临着立谁为太子的关键问题，神宗心里很矛盾，他纠结于立嫡还是立宠的矛盾之中。
矛盾的心情使明神宗迟迟没有能确立太子的人选。依照传统的王朝体制，必须优先立嫡立长，可是，他宠爱郑贵妃，心里一直想立郑贵妃之子朱常洵为太子，可是，皇后之子朱常洛是长子，以嫡长制度，必须立朱常洛为太子。
明神宗如果要依祖制并立郑贵妃之子朱常洵为太子，只有一种办法，那就是等原配皇后去世了，扶郑贵妃为皇后，使朱常洵以“嫡子”的身份登太子之位，才是合理合法的。于是，明神宗不怕得罪朝中大臣，屡次推延立太子的大事，在立储问题上，采取长期拖延的策略。
可是，神宗皇后王氏却身体比较康健，没有重病，就是不死，这让明神宗很感到很头痛，他既不想破坏祖制，不想遭后世责骂，但又不想放弃让福王朱常洵当太子。面对着大臣们一再上折子要求立储，他却不惧得罪大臣们，一拖再拖，双方相持着。
明万历二十九年(1601年)，当明神宗到慈圣太后那里去问安时，老太后责问他为何迟迟不立太子，朱翊钧面对老太后严厉询问，心里慌张，露出了一句“常洛是‘都人’（指低贱的宫女）之子”。朱翊钧忘记了他的亲生母亲也是“都人”出身。因而，他当场遭到了慈圣太后的怒责：“你亦是都人之子！”明神宗猛然醒悟，久跪不起。
此事给明神宗触动很大，不久， 当内阁大学士沈一贯上疏劝为了保证皇室多子多孙须早立太子时，明神宗终于下诏确定了举行册立太子礼的日期，长子朱常洛这才被正式成为太子人选。满朝文武十分高兴，欢声一片。
可是，郑贵妃却难以忍受，她在神宗皇帝面前大吵大闹，宠爱贵妃的朱翊钧经不起闹又产生动摇，他以典礼尚未准备好为由，要求改变册立仪式的日期。沈一贯接到了改期的手诏后，坚决反对，奉还手诏，朝臣也坚决反对改变立太子的日期。在大臣们的执着坚持下，明神宗终于在十月十五正式册立皇长子常洛为太子，同时，朱常洵被封为福王。
其实，当时朱常洛虽被立为太子，虽有朝中大臣的支持，可是，他当太子很不顺利，明神宗不大喜欢他，郑贵妃将他视为死敌，他感到时时都有被废去太子的危机，心里一直忐忑不安的。
内阁首辅沈一贯原本在立太子的问题上是有大功的，可是，奇怪的是，在《续忧危竑议》的这一揭帖中，他却和内阁次辅朱赓一起，被指名道姓地指责为是郑贵妃的帮凶，这朝臣难以理解。朱赓很恐慌，立即上疏为自己辩护，同时，为了避嫌，他请假待在家里，不再临朝。
沈一贯是政坛老手，他立即采取了以攻为守的策略，他拿自己的政敌来开刀，指使给事中钱梦皋上疏，诬陷礼部右侍郎郭正域和内阁大学士沈鲤是“妖书案”的幕后黑手。
老奸巨猾的沈一贯心里盘算得非常清楚，当时内阁只有三位大臣：首辅是他，次辅是朱赓，阁僚是沈鲤。三人中他和朱赓两人都出现在揭帖上，而沈鲤没有出现。沈一贯心里清楚，污蔑沈鲤很容易让朝中大臣相信，而且，朱赓请病假了，如果沈鲤出事了，沈一贯便可独掌内阁。至于郭正域，是因为他是沈鲤的门生，又是沈一贯的长期政敌，沈一贯诬告，既有理由，又能消除政敌。
此外，因为同知胡化曾上书告发训导阮明卿“造作妖书”，而当时被告发的阮明卿钱梦皋的女婿，钱梦皋为了替他的女婿脱去罪名，便找了沈鲤的门生郭正域当替罪羊，而且，郭正域是胡化的同乡，被罢官将离京，可以解释为是为泄私愤而参与“妖书”事件。沈一贯老谋深算，他联手钱梦皋诬陷沈鲤和郭正域，既为自己脱罪，又挟私报复，一举两得。
可是，结果并未能随沈一贯所愿，郭正域虽在将要离开京师时被捕了，但没有能被审出罪名，而其他的人却被牵涉进来了。
巡城御史康丕扬在搜查沈鲤住宅时查出了著名高僧达观、医师沈令誉和琴士钟澄似乎与案情有关。
达观大师当时正执着于请求朝廷停止征收矿税，可能因此而损害了权贵的利益，所以被污蔑了，达观在被严刑拷打之后，圆寂了。医师沈令誉被处于酷刑，但始终拒绝承认与郭正域有牵连，坚决不认罪。
郭正域曾经当过太子朱常洛的老师，知道郭正域被抓之后，他曾对近侍说：“何为欲杀我的良师？”之后，他还派人带话给东厂提督陈矩，让他对郭正域手下留情，陈矩是一个精明狡猾的太监，不想得罪太子，而且也查无实据，郭正域便免遭陷害。
会审持续了五日，仍无法定案，明神宗震怒，下诏责问会审官员，众官惶恐不安，压力倍增，于是，他们想着找一名替罪者来定案。
第四，“替罪羊”突然冒出，与“妖书案”无关的人被判为主犯
就在会审官们着急时，东厂突然发现了线索，抓到了一位叫皦生彩，他声称发现他的兄长与“妖书案”有关。他的兄长叫皦生光，原本是顺天府生员，其实是一位文化诈骗者。
皦生光被逮捕，他经不起酷刑，屈打成招，承认与“妖书案”有关。刑部尚书萧大亨为了讨好内阁首辅沈一贯，逼皦生光承认是受郭正域所指使，皦生光坚决不承认，他不愿诬告他人，最后，会审的各位官员只能将罪名按在皦生光身上，结案向皇帝报告。
东厂、锦衣卫和刑部等负责会审的官员此时可以松一口气了，虽然他们都不相信“妖书案”与皦生光有关，连沈一贯、朱赓也不相信，《续忧危竑议》若是对朝廷政事不熟悉，是炮制不出来的。但是，为了尽快结案，好向明神宗汇报，他们只好就此结案了，皦生光被凌迟处死，其家属被发配边疆充军。
皦生光死了，是个替死鬼；案件了结了，会审官们放心了，神宗皇帝泄恨了，消气了，第二次“妖书案”也平息了，但是，“妖书案”的真正作者到底是谁，这一直仍是一个没有掘开的迷。
