民国六年，因为护法战争的矛盾，代理大总统冯国璋和总理段祺瑞的矛盾激化。冯国璋跟南方军阀有私交，不想跟他们打仗；段祺瑞的态度与冯国璋截然相反，就是要坚决的灭了南方军阀。当时的段祺瑞凭借三造共和的功劳，风头正盛。而冯国璋也不是吃素的，联合了长江三督和直隶督军曹琨，共同对付段祺瑞。
直系和皖系的实力势均力敌，互相倾轧。段祺瑞一时间想不出搞倒冯国璋的办法，便再一次以退为进，宣布下野。国务总理他不干了，有什么事，就找冯国璋办吧！
岂不料，下野的段祺瑞也没有闲着。他暗中撬冯国璋的墙角，拉拢直系的直隶督军曹琨对南方宣战。接着又指示徐树铮勾结奉系军阀张作霖，让张作霖派奉军入关，以威胁冯国璋。这一下冯国璋就在北京坐不住了。
因为直系和皖系坐镇北京，张作霖是不敢进关的。但是现在直、皖分裂了，而直系的大将曹琨也被段祺瑞给拉拢过去了，曹琨到底在想什么，冯国璋不清楚。据说奉军入关的部队有六个师的兵力，冯国璋带到北京的兵力只有两个师。两个师对付六个师，打不赢啊！为了避免被瓮中捉鳖，冯国璋想到了一个办法——跑！
冯国璋借着总统出京“巡视”的名义，带着一千多名卫兵就上了南下的火车，准备回自己的大本营南京。当冯国璋的专车抵达天津时，曹锟带着直隶军政大员在车站欢迎。当天晚上，曹锟对冯国璋说，我还是跟你一条心的，你就放心吧。第二天，冯国璋继续乘专车南下，抵达济南时，山东督军张怀芝在车站迎接，并且跟着冯国璋一起南下安徽。需要说明的是，山东是皖系的地盘。但是段祺瑞没有表态，张怀芝也不敢扣留冯国璋。只得跟着他一路南下，算是一种监视吧。
等到冯国璋的专车进入安徽后，段祺瑞的电报也来了。安徽督军倪嗣冲也是皖系，他接到的电报内容是阻止冯国璋前往南京。于是，当冯国璋的专车安徽抵达蚌埠时，倪嗣冲对冯国璋没有什么好脸色看。他指着冯国璋说：你若回北京，我可以放行，若去南京，我便扣留你在此。冯国璋此时是寄人篱下，在人家的地盘上也不敢说什么，只得又坐专车折回了北京。
如果冯国璋从天津坐船到南京，可能就不会被皖系给拦截了。偏偏他选择坐火车，而从北京到南京的津浦铁路，中间要路经山东和安徽两省。恰恰这两省的督军都是皖系军阀，唯段祺瑞的命令是从。他们如果铁了心的不让冯国璋南下，就凭冯国璋手上那一千侍卫，也不可能保护他从蚌埠冲到南京。
回到北京后，冯国璋的面子很难堪。因为段祺瑞下野了，国事都要他拿主意。但是各省的督军很多都只听段祺瑞的命令，不听他的总统号令。冯国璋也不敢犯众怒，只得退一步，主动缓和与段祺瑞的关系，并且效法古代皇帝的罪己诏，也给自己也下了一道请罪诏书，以平息皖系军阀政客对他的怨气。
段祺瑞从新出山后，把冯国璋的政策全部推翻作废，并宣布对南方开战。冯国璋当时灰头土脸的，不敢跟段祺瑞明着干，就暗中派人联络曹琨，让曹琨和吴佩孚磨洋工，不要替皖系卖命。这一招挺好使的，曹、吴的不配合，几次让段祺瑞的计划流产。气急败坏之下，段祺瑞让徐树铮杀了在冯国璋和曹琨中间联络的陆建章。除此之外，段祺瑞又指使亲信王揖唐，让他收买议员，操纵国会选举，用合法手段把冯国璋选下去。并且按照事前段祺瑞的部署，选举徐世昌为新总统。就这样，冯国璋就只得把总统的宝座让了出来。灰溜溜的回到了自己的老家。
新任大总统徐世昌，他不是直系，也不是皖系的人。选他上台，是因为他没有派系。所以徐世昌上台后，第一件大事就是调解直、皖两系的矛盾。作为妥协条件，徐世昌把冯国璋留在北京的两个师的指挥权交还给了冯国璋。结果没过多久，冯国璋就去世了。他跟段祺瑞的矛盾，也就因此而结束。
回过头来再看这段历史，其实冯国璋并没有丧失军权。至少他自己掌控的两个师，指挥权一直在他手上。冯国璋得意洋洋的进京时，直系和皖系的力量，起码是均衡的。他只是没有想到段祺瑞的手腕会那么阴狠。
段祺瑞算计冯国璋的办法，并不新鲜，甚至可以说是屡试不爽。当年袁世凯称帝，段祺瑞就故意隐退，然后坐视冯国璋等人在袁世凯背后捅刀子，他再出山收拾残局；等到府院之争和张勋复辟时，他又隐退了，坐视天下大乱的时候，他再出山摘桃子。冯国璋和他争权时，他又再次故技重施，让各省督军一起抗冯国璋的总统令。冯国璋他是犯了众怒，惹恼了一群皖系大佬，玩不下去了。
冯国璋败给段祺瑞，并不意外。虽然他俩都是北洋三杰，但是冯国璋的年纪大，比段祺瑞大六岁。价值观比段祺瑞保守，过分的追求功名利禄，是个没有原则的人。而段祺瑞是新军人出身，而且是武备学堂的科班出身，人生观和价值观比冯国璋激进。
就拿对军队的掌控来说，冯国璋好歹还有两个亲自掌控的师，段祺瑞甚至都没有直接掌控的部队，他才是真正的光杆司令。但是段祺瑞的政治主张能得到更多人的响应。冯国璋则是有奶便是娘，眼光很浅。直系督军支持他，是因为他是北洋系的老大哥，资历摆在那里。再加上他又是代理大总统，职务摆在那里。但是最后大伙发现，跟着这厮混没前途。最后冯国璋发现自己不仅得罪了一票人，甚至连自己直系的铁杆粉，也把他给抛弃了！
