其实吧，南明早期，对阵的双方都是明军。清朝这边最能打的五大汉军：吴三桂、孔有德、耿仲明、尚可喜、沈志祥，都是关宁和东江出身，南明这边扬州殉国的刘肇基、永历前期的台柱李明忠也是关宁和东江出身。江北四镇之一的刘良佐，他兄弟刘良臣是汉军镶黄旗的，和孙定辽、张存仁、刘武元他们都是当年在大凌河投降的，什么李永芳啊，孟乔芳啊，投降得更早，派到山东的夏承德是松锦之战的时候投降的。南明这边的李成栋是西北边军出身，清军那边从闯军投降过来的董学礼、唐通等人也是西北边军出身，所以合流起来这个利索啊。南明这边的高杰、马进忠、金声桓、惠登相是陕西流寇出身，清军那边的白广恩、牛成虎也是陕西流寇出身。
论部队战斗力，其实明军和汉军旗、绿营也差不到哪里去，甚至比八旗也差不到哪里去。但是明朝使唤这些部队的方式实在太差劲了。
第一，你得给钱啊。
明军给作战部队每年20两的军饷，临时征召的义兵每年12两。
清军把绿营分为守兵、战兵和马兵，守兵每年也是12两，战兵每年18两，马兵每年24两。
看起来，差距倒也不太大，问题是，大明不按时发饷啊。清军倒也不是一定就按时发饷，绿营欠饷的案例也非常多，但是毕竟没有明朝那么多，在军饷的保障上比明朝还是要强不少的。还有开拔费、杀敌的犒赏、死伤的抚恤等等，这些都是要钱的。武器、铠甲、马匹要钱，火器的弹药要钱，部队每天穿衣吃饭这都是钱。
然而，明末的财政就是个笑话，部队得到的经费少得可怜，还有层层盘剥。
清官带的兵尚且这样，贪官带的兵干脆就得卖儿卖女了。当兵的连吃饭都成问题，还打什么仗呢？总不能靠封建主义理想吧。
没钱给军队带来的影响是全方位的。比如说，明军普遍缺乏训练，因为训练也得要钱。最简单的，让士兵上操场跑两圈，就先得给他们喂饱了才行。人得吃粮，马要吃料，就像孙可望、李定国、刘文秀在云南练兵的时候，先制定了食品供给标准，然后才能谈训练。
在这个供给标准下，西营可以做到三天一小操，十天一大操，像现代军队这样这样成天训练还是做不到，因为西营在云南这段时间虽然能吃饱，但仅仅是粮食的供应相对充足，肉和油脂的供应并不多。人在没有肉吃的情况下是很难连续进行高强度的军事训练的，也只能三天训练一次，清军也大致是这个水平。西营已经是南明军队中的一流主力了，普通的明军很多连吃饭都成问题，因此训练很少，甚至有压根不训练的。
再有就是，训练还有其他成本。比如说士兵服装和鞋子的消耗就是一大笔开销，火器部队如果进行实弹训练，弹药的开销也是很惊人的。水师的话就更麻烦了，船只一出动，养护的费用能让人愁死。
在武器装备方面，没钱自然也不可能提高，清朝有的技术南明都有，但是南明方面既没有足够的资金投入，也没有严格的监管纪律，刀枪、盔甲、枪炮、弹药的制造都很混乱。这里面还涉及经办人员对工匠的盘剥问题。根据沈颐仙《遗事琐谈》中的记载，张献忠原本就是个铁匠，在给官府打造军械的时候，“煤铁既少而陋规日增，工食克扣而限期日迫”。不仅材料不够，还得交回扣，不仅不给饱饭吃，催逼得还紧，结果就是“匠不堪命，因以倾家”，导致张献忠一怒之下投奔王嘉胤造反去了。关于张献忠出身的记载有很多说法，大部分都说不太清楚，所以这个不用较真，不过在明朝，这种官府压榨工匠的事情是普遍存在的。清朝对于工匠的待遇自然也谈不上人道，甚至有可能压榨得更狠，但是清朝的纪律更严格，管理更加高效，资金投入也多。清朝压榨工匠，能压榨出更多的武器装备，明朝压榨工匠，好处都让经办的官员胥吏分去了。
这样一来，很多明军的士气不高当然也就可以理解了，肚子里没食，身上别说铠甲了，连可以御寒的衣服都没有。一边打仗，还一边担心一家老小明天吃什么，手中的刀又钝又锈，不知道能不能砍死人。回头一看，大帅的小老婆们穿金戴银，帅帐中歌舞升平，传来阵阵酒肉香气。换成是我处在这个环境，恐怕也会选择保命要紧。如果一支军队里有少数人当了叛徒，可能确实是这些叛徒的道德品质有问题，可如果一支军队绝大部分都当了叛徒，甚至出现南明弘光政权那种四五十万大军蜂拥投降，比对面的清军还多数倍的情况，那绝对是军队背后的朝廷有问题。
第二，赏罚要公平。
吴孔耿尚沈五人降清之后得以封王封公，孟乔芳以一介废将降清，靠军功做了陕西总督，加封兵部尚书，太子太保，左良玉部下的总兵李国英降清之后，一路做到四川总督，也挂兵部尚书衔，这些都是大部分明朝武将想都不敢想的。南明到了永历时期，武将的地位大幅提高，也开始封王封公，但是文官甚至太监督师的规矩也依然还在。而在弘光时期，各地掌管军政大权的最高长官除了左良玉、郑芝龙二人之外几乎是一水的文官，马士英、史可法、何腾蛟、瞿式耜、丁魁楚、越其杰等人掌握大权，还是维持着以文御武的格局。高杰死后，他的遗孀邢氏希望儿子高元爵能拜史可法为义父，不想却遭到了史可法的拒绝，让他去拜监军太监高起潜为义父。对于军阀来说，很明显投降清朝更容易出头。
《纪事略》中，记载了张献忠在成都称帝时说的一番话：“如朕微时，曾隶洪承畴标下吃粮，充一旗手，也曾冒矢石，探虎穴。援辽时，朕年未弱冠，亦曾兵刃交接，斩首级十余颗，论起来也博得个一官半职。岂知对垒交锋处有我，叙功疏上无我。到得恩诏下颁，部议上陈，为官者依然官上加官，到朕名下，不过同众兵分吃些牛酒。朕愤不过，所以自中牟县领着黄虎时起手，纵横天下，以至今日，抚有兹土，皆赖尔众将士戮力同心所致也。”
当然，清朝对待手下的将领也谈不上多么公平或优待，否则也不会有那么多绿营将领选择反正了。比如说李成栋，从南直隶投降开始，一路沿着东南沿海打到广西，镇压江南抗清运动，杀南明二帝，镇压岭南三忠，对清朝的贡献不可谓不大，然而仅得广东提督之职，而他的顶头上司佟养甲明明是和李成栋同一批投降的 ，可就因为他姓佟，是辽东佟氏家族的亲戚，他就可以一路跟在李成栋后面捡功劳，最后做了两广总督。江苏巡抚土国宝仗着自己投降得早，就排挤苏松提督吴胜兆。金声桓和王得仁几乎替清朝打下了整个江西，结果金声桓仅得总兵，王得仁更是只授了个副将，因为投降得晚，还要受董学成等老资格汉奸的勒索侮辱。姜瓖靠出卖李自成给清朝立了大功，却没有得到升赏，多尔衮为了三百多个逃人逼死耿仲明更是神操作。
可惜的是，没有对比就没有伤害。就比如说李成栋，他反正归明之后，永历朝廷内形成了吴楚党争的局面，吴党以马吉翔、堵胤锡为首，依靠陈邦傅等广西军阀，楚党以瞿式耜为首，还包括何腾蛟留下的班底，依靠李成栋等反正的广东军阀，双方斗得不可开交。
其实，瞿式耜和李成栋也并没有什么关系，当年第一次桂林保卫战的时候，两人还是在战场上兵戎相见的死敌。但是瞿式耜认为，不管李成栋有多大的罪过，毕竟现在他的军队在前线和清军作战，朝廷总该对他有最起码的支持。而且李成栋虽然人品低劣，他的义子李元胤却很有抗清的热情（后来兵败，被俘之后宁死不屈殉国），当时永历朝廷驻扎在肇庆，正是李元胤的防区，故而瞿式耜和李元胤合作频繁。吴党的陈邦傅等人原本都打算向李成栋投降了，李成栋反正之后，他们却想和李成栋争兵马抢地盘。但是，吴党中的堵胤锡、朱天麟、王化澄、张孝起等人也都是很正派的（堵胤锡和朱天麟都病死在任上，王化澄、张孝起被俘后不屈殉国），只不过他们大都是支持联合闯军、西军的，而陈邦傅因为自己的兵马不是李成栋的对手，想拉拢张献忠旧部出身的孙可望、李定国、刘文秀及李自成旧部出身的李过、高一功、党守素等人作为自己的外援，两下这才凑到一起。而楚党中的蒙正发等人，是如今网上某些人的鼻祖，坚持认为大明什么都好，天底下一切的问题都怪流贼。即便闯军现在已经改编为明军，正在前线和清军浴血奋战，他们也照样在后方安全的地方端起碗来吃饭，放下筷子骂娘。两党在朝廷里互相攻讦，因为朝廷在李元胤的地盘上，因此楚党得势。后来趁着李成栋在江西战死，朝廷迁到陈邦傅控制的梧州的机会，吴党向楚党大举反攻，逮捕了一批楚党骨干，陈邦傅甚至打算动用武力杀掉李元胤，吞并他的军队，彻底控制皇帝和朝廷。
然而，陈邦傅的兵马打不过李元胤，于是他向闯军的李过和高一功求援。李过和高一功在朝廷中的盟友是吴党的堵胤锡，陈邦傅平时对他们也十分巴结。而李成栋的部队与闯军一系的人马旧怨极深，李成栋是陕西的官军出身，以镇压农民起义起家，后来又调入李自成的死对头高杰麾下，和闯军作对多年。因此，陈邦傅认为请李过和高一功帮他杀掉李元胤肯定是没有问题的。
没想到，陈邦傅在闯军那里碰了钉子。李过的性格比较阴沉，只说了一句：“陈将军劝我劫驾，是终谓我寇也。”高一功的反应则激烈得多：“吾虽尝为巨寇，亦自磊落行志，安能作此狗彘行乎？”不久李过病故，高一功与党守素率领五千军队赶往梧州护驾，虽然在派系上属于吴党，但是他们不仅没有对楚党落井下石，反而把被囚禁的楚党人员从牢中放出来，宣布双方结盟，并义正辞严地斥责吴党众人：“你们一个个都以忠臣和正人君子自诩，却召唤武将来朝中杀人，不知道文天祥、陆秀夫有没有做过这样的事情？”
高一功、党守素等闯军将领强行制止了永历朝廷的内讧，而且克制自己的言行，避免造成新的党争。高一功痛恨一个叫夏国祥的人，有人巴结高一功，要弹劾夏国祥，高一功却不同意，说自己作为武将不应该随便干预朝廷。不久清军进犯广东，高一功不计前嫌，与李元胤联合，拿出两万人的家底去增援广东，只是中途被陈邦傅阻击，军队又染上瘟疫，最终没能起到作用，广东沦陷，李元胤兵败殉国。
南明不是没有精兵，也不是没有良将，而是这些精兵良将背后没有一个好朝廷。每次不管是谁取得一点成就，一定会冒出一群人来扯后腿。
最神的操作是，在败退到缅甸之后，竟然还有人有闲心弹劾沐天波。
再看对面呢，其实清朝统治集团中也有很多的内讧，然而，他们内讧的烈度却比南明低很多，无论是早期的努尔哈赤杀褚英、舒尔哈齐，皇太极排斥三大贝勒，还是后来的多尔衮斗豪格，济尔哈朗斗阿济格，顺治清算多尔衮旧部，康熙除鳌拜，虽然统治集团的高层把权力的游戏玩个不休，但是对军队的损害却比南明小得多。
南明的武将取得了胜利，得不到朝廷应有的支持，而拖后腿的人也没受到应得的惩罚。崇祯时期就有这种倾向，比如说左良玉，在崇祯朝后期各种卖队友，经常不战而逃，把自己的队友扔给李自成，然而他手下的兵马越逃越多，渐渐军阀化。崇祯虽然以杀大臣而闻名，对兵多将广的左良玉却不敢明正典刑，最后酿成了左军火烧武昌，举兵东犯，葬送弘光朝廷的恶果。弘光朝廷对于军阀的约束力更是几乎为零，不仅对刘泽清、刘良佐、左良玉这些叛徒约束不了，就连忠于朝廷的黄得功和高杰都不听朝廷指挥，肆意地纵兵抢掠，杀人放火，还互相火并，前往江北督师的史可法也只能和稀泥，无力约束。
相比之下，清军对绿营将领的约束就强得多了，绿营将领们要是还敢像在明朝时那样动不动就不战而退，清朝清算他们可不会留情。就算是满洲八旗，如果临阵怯战，也会遭到责罚。南明这边抗清的三大主力闯军、西军、郑军的军纪也都是十分严格的。闯军在李自成时期就规定，战场冲锋的时候“前者反顾，后者杀之”；明朝官军出身的张先壁被划入西营的序列之后，在保宁之战中临阵先逃，为了自己逃命又烧毁了浮桥，导致大批友军被困，遭到清军歼灭，孙可望毫不犹豫地执行了军法，将张先壁杖毙；刘文秀手下的一个士兵误杀了一个小孩，该管的军官打了这个士兵军棍，又赔了钱，在明末这样的时代，这已经是十分难得的了，可刘文秀还认为判罚过轻，下令将杀人的士兵斩首，这个军官也被处罚；郑成功更是以执法严酷而闻名，就算是亲信大将，也照样处罚。闯军、西军、郑军的军纪有时甚至严格到不近人情、矫枉过正，但也正是因为如此，这三支以流寇、海贼为基础组建的军队却拥有比正统明朝官军强大得多的战斗力。
第三，只有胜利才能带来胜利。
这个因素和前两个比相对次要，但是很多时候还是很关键的。
自从1618年努尔哈赤犯边开始，明军一次次地反抗，一次次地一败涂地。为什么袁崇焕的宁远之战杀伤清军并不算特别多，还有觉华岛之败的大损失，然而却令他一战成名？这就是因为他在这场战斗中给明军建立了信心。在萨尔浒之战、浑河血战中，尚有很多明军能殊死抵抗，可是在广宁之战中，明军已经深信“女真满万不可敌”，面对汹涌而来的清军，他们连据守城堡抵抗的勇气都没有了，而宁远、宁锦的两场胜利，让明军又恢复了信心，确信了金兵还是有血有肉的人，喝多了也吐，挨打也疼。如果没有宁远、锦州城防战的经验，之后祖大寿在大凌河、锦州坚持守城到人吃人的地步是不可能的。然而这样的信心只能支撑明军凭险死守，并不能支撑明军去战胜清军。
1644年清军入关之后，用一年的时间打败了李自成的大顺军，南京弘光朝廷的五大军头，高杰、黄得功、刘泽清、刘良佐、左良玉，再加上督师史可法，全都是和农民军交战多年的，对李自成的实力有很清楚的了解。所以一开始他们就认定收复北方是不可能的，南明能争取到的最好结果也就是南宋的局面。虽然这也是事实，当时的明军确实打不过清军。可是统兵的大帅将军们一上来就抱着这种胆怯退缩的想法，那就连南方这点地盘也保不住了。之前清军历次入关劫掠，再加上松锦之战的大败，已经打断了明军的脊梁，大部分的明军都根本没有和清军一战的勇气。
正是在这种情绪的驱动下，南京朝廷居然提出了“借虏平寇”这样荒唐的政策，将北方的半壁江山拱手让给清朝，请清兵替他们消灭李自成。派去北京议和的左懋第其实是个主战派，却不得不执行这样的任务。在前往北京的路上，山东的抗清义军纷纷来和左懋第联络，问朝廷什么时候北伐，他们便要在敌后起兵响应，然而左懋第无法回答，只能唯唯以应。除了高杰的失败冒险之外，江北明军没有一支部队尝试北上收复山东、河南。
更讽刺的是，唯一一个敢出击的高杰，也是流寇出身。高杰是米脂人，是李自成的同乡，是一起杀官造反同袍兄弟，后来因为和李自成的妾邢氏私通而投奔了官军。可是在南明的数十万大军坐视清军消灭李自成的时候，只有高杰这一支孤军北上河南，试图收复失地。尽管高杰因为叛徒出卖，没有取得任何成绩就被害了，但高杰努力了没成功是能力问题，刘泽清、刘良佐这些连尝试一下都不敢的人那就是态度问题了。更何况当时清军的主力都在陕西和李自成决战呢，山东和河南仅有少数绿营而已，而且遍地都是愿意接应明军的民间义军。
等到李自成和高杰都输了，清军大举进犯江南的时候，绝大部分明军都已经确信明朝失败无疑，几十万人一枪未发便投降了。也有少数人选择了拼死抵抗，刘肇基、乙邦才、黄得功、翁之琪、黄蜚、吴志葵、周之藩，他们的孤军奋战自然也不可能取得胜利。烈士的牺牲并没有激励到其他明军，反而让他们更加坚信清军是不可战胜的。
再看清军这边呢？通过一次次的胜利，他们在不断地建立信心，虽然在历次战争中，清军也经常出现伤亡很大的情况，但是毕竟绝大部分战役最后的胜利者都是他们，每次劫掠都能满载而归。明军一旦剃头当了绿营，站在胜利者一边，士气立刻就不一样了，李成栋、李本深、金声桓、杨承祖、马得功这些人的军队，一改换门庭，立刻爆发出了强大的战斗力，他们都是在投降之后立刻加入了对南明的战争，人员没有改变，装备也没更新，但是战绩立刻比原来做明军的时候上了一个台阶。固然是有多领了些军饷的因素，士气原因也是很主要的。被纳入清朝的军事体系之后，绿营兵受到的监督比原来做明军的时候更严格了，而背后有满洲兵压阵，更让他们有了信心，就算初战不利，只要请满洲太君来，肯定还是能打败他们的前同袍们的。明军对于绿营兵并不怕，能顶得住，有时候还能取胜，可满洲兵一来，立刻土崩瓦解。降清的左良玉部将徐勇是绿营中比较能打的，他也曾说：“逆贼畏满兵，而不怯南兵，南兵如云，何如满旗一旅也。”大家都是一样的明军出身，一边相信自己肯定能胜利，一边认为自己肯定打不赢，这仗还打什么。
但是，最先认清八旗兵本质的也是这些绿营，他们和八旗兵并肩作战之后，就发现他们也不过如此，大家都是两个肩膀扛一个脑袋，满洲兵也不见得有三头六臂。砍杀了一番明军之后，李成栋、金声桓、姜瓖、吴胜兆等人发现其实自己也是很强的，并没有比八旗兵弱多少。之前打不过清军，一来是因为没钱，二来是因为自己吓自己。而八旗兵被各地不断爆发的抗清起义搞得焦头烂额，义军虽然没有取得太大的胜利，但是零敲碎打，也给八旗兵造成了很大的伤亡。故而这些绿营军头觉得，明朝还是很有胜利的希望的，自己努努力应该打得赢清军，这才选择了反正抗清。
而明军真正建立信心的契机，还是李定国两蹶名王，整个南方得知这个消息都沸腾了，黄宗羲说：“逮夫李定国桂林、衡州之捷，两蹶名王，天下震动，此万历以来全盛之天下所不能有。”湖广、广西、广东、江西四省原先被清军打散、躲入山中的明军残部纷纷下山响应。而清军也真的感觉到了恐惧，之前广东、江西、山西三大绿营反正，清军虽然兵力捉襟见肘，倾尽全力去镇压，但是也并没觉得这些绿营兵有多可怕，都是并肩作战多年的部队，知根知底。孔有德、尼堪被击毙的消息传到北京，清朝官员们“号天大恸；自国家开创以来，未有如今日之挫辱者也”，武昌城中传言明军马上要杀过来，一夕数惊。李定国下令：“清兵二屠桂、粤，今其报仇时也，凡遇清兵杀无赦。”南方清军的反应是“一时清兵称滇、黔人为蛮兵，见旌旗即走”。“清闻定国威名股弁，命洪承畴经略湖广、广东、广西、云南、贵州，星夜之荆州，且有弃楚、粤、桂、赣、川、黔、滇乞和之议。”
然而，紧接着就发生了孙可望与李定国的分裂，明军的胜利没有得到进一步扩大，在无休止的内讧中蹉跎了时间，给了清军喘息的机会。李定国两蹶名王成就的取得，靠的是大西军在云南苦心经营五年攒下的家底，如果短时间内不能迅速打垮清军，收复大片国土，建立政权，持续地动员新光复地区的人力物力财力，仅凭云贵一隅是无法与控制大半个中国的清朝打持久战的。最终李定国兵败新会，明军好不容易建立起来的信心再度丧失，从此之后，明军也再没有翻盘的机会了。
