锦鲤按颜色、光泽和是否全身覆盖鳞片等，划分为13个大品系，每个大品系又有或多或少若干个小品系，有些品系兼具两个或两个以上大品系的特征，细分下来有126个小品系。有些小品系不常见，一般锦鲤养殖者及爱好者对小品系并不在意，知道不知道都无所谓，但是对于各大品系的特征是必须了解的，因为这是鉴赏和选鱼的基础。
（一）红白系
行话说：始于红白终于红白。红白系是最早诞生的锦鲤品系之一，是锦鲤的正统代表，是最普及的锦鲤品系，也是一个基础性的品系，因为有些品系是在它的基础上培育出来的。红白锦鲤红色的斑块镶嵌在瓷器一般洁白的皮肤上，鲜艳夺目。按其斑块的数量和形态，又分为闪电红白、一条红、二段红白、三段红白、四段红白、鹿子红白等。
（二）大正三色系
大正三色系白底上浮现出红黑两色斑块，头部只有红斑而无黑斑，胸鳍上或具黑色条纹（而非块斑）。较名贵的大正三色系有嘴唇具有小红斑的口红三色锦鲤、头部具有银白色颗粒的富士三色锦鲤等。大正三色锦鲤因诞生于日本的大正时代（公元1912—1926年）而得名，迄今大约100年历史。大正三色锦鲤也有一些小品种，或者交叉品种，如口红三色锦鲤、德国三色锦鲤、银鳞三色锦鲤、金鳞三色锦鲤、三色秋翠锦鲤、丹顶三色锦鲤等。
红白锦鲤（三段）
（三）昭和三色系
昭和三色系与大正三色系一样，体表有红白黑三种颜色。与大正三色系很容易区分，昭和三色系头部有墨斑，大正三色系没有；昭和三色系的墨是大块的，大正三色系的墨是小块或点状的；昭和三色系的墨是从真皮层向表皮延伸的，可以看到皮肤深层（即真皮层）的墨透过表皮而呈现灰色的印记，大正三色系的墨是浮现于表皮上的。昭和三色系胸鳍基部有块状黑斑，而大正三色系的胸鳍则没有黑色，或有黑色条纹。昭和三色锦鲤因诞生于日本的昭和时代（公元1926—1989年）而得名，实际诞生年代是1930年前后，迄今不足100年历史。昭和三色锦鲤主要有：经典昭和锦鲤、近代昭和锦鲤、影昭和锦鲤等几种类型。
昭和三色锦鲤
（四）浅黄系
浅黄系背部蓝色或灰色，每片鳞的外缘为白色，使背部看上去有清晰的网纹，头顶淡蓝色或浅黄色，面颊、腹部及胸鳍腹鳍为橙红色。虽然身体主要部分是蓝色或灰色，但是腹部的黄色或橙色是它的主要变异特征，而且幼年时头部和腹部确实是浅黄色的，所以称为浅黄并不是日语对颜色叙述的偏差。浅黄系为白色，使背部看上去有清晰的网纹，头顶淡蓝色或浅黄色，面颊、腹部及胸鳍腹鳍为橙红色。虽然身体主要部分是蓝色或灰色，但是腹部的黄色或橙色是它的主要变异特征，而且幼年时头部和腹部确实是浅黄色的，所以称为浅黄并不是日语对颜色叙述的偏差。浅黄系据说是最原始的锦鲤，很多品种的来源与它有关。浅黄锦鲤也有水浅黄锦鲤、绀青浅黄锦鲤和鸣海浅黄锦鲤等小品种。
浅黄锦鲤
（五）泻系（或称写系）
泻系像中国传统的水墨画，白底黑斑块的称为白泻锦鲤，黄底黑斑块的称为黄泻锦鲤，红底黑斑块的称为绯泻锦鲤。其中白泻锦鲤最常见，也最受欢迎，现在白泻锦鲤甚至被一些专业人士与“御三家”合并称为“御四家”。白泻锦鲤墨板的要求与昭和三色锦鲤一样，所以有时昭和三色锦鲤的后代里面也有白泻。
白泻锦鲤
（六）别光系
别光系与泻系类似，体表有黑色和另外一种颜色，黑色斑纹比泻系的相对较小，而且黑斑是在表皮上的，不上头，其黑斑纹与大正三色系同源同质。实际上，在大正三色系的后代中常常会出现一些别光系。别光锦鲤按底色分为3种：白别光锦鲤，为白底黑斑；黄别光锦鲤，为黄底黑斑；赤别光锦鲤，为红底黑斑。
（七）花纹皮光系
所谓皮光鲤，是指体表光泽度明显高于普通鱼类的锦鲤，而花纹皮光鲤的体表有不少于2种颜色（鳞片边缘颜色使鱼体形成网纹不属此类），一般是由泻系以外的锦鲤与黄金锦鲤近缘杂交产生的后代，其中有很多著名的分支品系，包括秋翠锦鲤、大和锦锦鲤、锦水锦鲤、菊水锦鲤、贴分锦鲤、孔雀黄金锦鲤、红孔雀锦鲤等。中国的锦鲤爱好者一般对这个大品系没有很清晰的概念，秋翠锦鲤和孔雀锦鲤在中国很受欢迎。
秋翠锦鲤是浅黄锦鲤与德国镜鲤（全身仅背鳍基两侧有鳞片或侧线还有一排鳞片的鲤鱼）杂交的后代，其特征是全身仅背鳍基两侧有细小的鳞片，其余部分裸露，头部及背部白色透着轻微的蓝色，鼻尖、面颊、体侧及鱼鳍基部都有红斑点缀，较闻名的有花秋翠锦鲤、绯秋翠锦鲤等。
秋翠锦鲤
孔雀锦鲤，是在中国最受欢迎的品种之一。前面已经介绍，孔雀锦鲤是花纹皮光鲤的一种，是花纹皮光鲤中的秋翠锦鲤与金松叶锦鲤或者贴分锦鲤杂交产生的，而该鱼的外观几乎就是浅黄锦鲤的基础上加上一些红色斑块。
孔雀锦鲤
（八）衣系
衣，衣服也。衣系是指在原色彩的基础上再穿上一层漂亮外衣的那些锦鲤。最具代表性的是红白锦鲤与浅黄锦鲤的交配后代——蓝衣锦鲤，该鱼底色为白色，红斑块中的一部分鳞片的后缘呈蓝色，在这一片区域组成网状纹。墨衣锦鲤，在红白的红斑上再浮现出黑色斑纹。另外，大正三色锦鲤与浅黄锦鲤杂交产生衣三色锦鲤，昭和三色锦鲤与浅黄锦鲤杂交产生衣昭和锦鲤。
衣锦鲤
（九）无花纹皮光系
无花纹皮光鲤是光泽度比较高而没有花纹的锦鲤，简单地说，就是单色锦鲤，但是不包括墨鲤。虽然没有花纹，但是可以有鳞片边缘的异色构成的网纹。著名的代表为黄金锦鲤、白金锦鲤。黄金锦鲤在中国有时被作为一个独立的大品系，而日本原种的黄金锦鲤也分几个小品种，如山吹黄金锦鲤、橘黄黄金锦鲤等。
黄金锦鲤
（十）光泻锦鲤
光泻锦鲤是泻锦鲤和黄金锦鲤交配所产生的后代，有金昭和锦鲤、银昭和锦鲤、银白泻锦鲤、德国光泻锦鲤等几个小分支品系。
（十一）金银鳞锦鲤
金银鳞锦鲤是身上具有闪闪发光（金属般闪亮）的金色或银色鳞片的锦鲤。当金银鳞位于白色皮肤（底肌）之中时，被称为银鳞，当金银鳞位于绯盘或黄金鳞片之中时，被称为金鳞。实际上金银鳞锦鲤并不是独立的品系，因为很多品系中含有金银鳞的分支，比如银鳞红白锦鲤、银鳞三色锦鲤、银鳞昭和锦鲤、银鳞白泻锦鲤、银鳞黄金锦鲤等。
（十二）丹顶锦鲤
额头部位有一块红斑的锦鲤，称为丹顶锦鲤。由于和日本国旗相似，丹顶锦鲤在日本是很受欢迎的，而在中国，因为“红运当头”的美好寓意，同样也广受喜爱。其实严格地说，丹顶锦鲤也不应该算作独立的品系，它们应该是在相应的品系里设的分支，比如丹顶红白锦鲤、丹顶三色锦鲤、丹顶昭和锦鲤等。如果一尾锦鲤仅以“丹顶”命名，那么银鳞红白锦鲤
（十二）丹顶锦鲤
额头部位有一块红斑的锦鲤，称为丹顶锦鲤。由于和日本国旗相似，丹顶锦鲤在日本是很受欢迎的，而在中国，因为“红运当头”的美好寓意，同样也广受喜爱。其实严格地说，丹顶锦鲤也不应该算作独立的品系，它们应该是在相应的品系里设的分支，比如丹顶红白锦鲤、丹顶三色锦鲤、丹顶昭和锦鲤等。如果一尾锦鲤仅以“丹顶”命名，那么这尾鱼必定是全身白色，除头部的圆形红斑之外没有其他任何色斑的。
丹顶锦鲤
（十三）德国系
最初由德国镜鲤与日本锦鲤杂交，再由此杂交子代进行近亲交配，经选育而获得有锦鲤体色而又几乎无鳞的鲤鱼。德系锦鲤有红白、大正、泻、九纹龙等体色类型，有的在品系分类上并不将其单列为一个品系，而是将它们纳入相应体色代表的品系，但是从生物学角度看，德系锦鲤与其他锦鲤有形态差异，而其他锦鲤之间只有体色差异，因此完全应该成为单独的支系。
十四）变种鲤
只要是不能归入上述13个品系的锦鲤，通常都称之为变种鲤。变种鲤之间不一定有遗传上的联系，不是一个品系，包括乌鲤、黄鲤、茶鲤、绿鲤等20多个品种。
（十五）长鳍锦鲤
长鳍锦鲤又称龙凤锦鲤或凤鲤，不属于日本锦鲤的任何品系，应该可以独立于日本锦鲤之外成为一个独立的品种，但是它与日本锦鲤有牵扯不清的渊源，可以算是中国锦鲤的一分子。长鳍锦鲤是用我国广西的长鳍鲤与日本锦鲤杂交，再经过近交、回交等育种方式多代培育而获得的观赏鲤新品种。该品种的主要特征是鳍很长，特别是胸鳍和尾鳍，胸鳍长而宽，可长达尾柄后部，尾鳍长度可达躯干长度的1/2。长鳍锦鲤躯干形
