满洲贵族在入关前缺乏独立的、系统的、先进的意识形态，入关后便利用汉族的精神文化，作为自己的精神统治力量。而大力提倡程朱理学，正是清代文化专制主义所奉行的两个重要手段的其中之一（另一重要手段就是实行文字狱）。
尽管清朝历代皇帝都是佛教的皈依者，康熙曾到五台山朝拜，雍正曾把自己住过的王府改成供奉和宣扬喇嘛教的雍和宫，但这些都比不上他们对儒家文化的兴趣。顺治认为，“先圣孔子为万世道统之宗，本朝开国之初，一代纲常，培植于此”。因此，他给孔子加了“大成至圣文宣先师”的封号。
康熙亲到曲阜谒孔庙行三跪九叩礼，并亲笔为大成殿题了“万世师表”的匾额。他不仅极力表彰程朱理学，说孔孟之后，“朱子（朱熹）之功，最为宏巨”，把朱熹的偶像从孔庙的两庑抬入大成殿内，列为“十哲”之次，而且亲自编写《性理精义》，重刊《朱子全书》、《四书集注》等书，颁布全国。
程朱派理学家也因此倍受宠幸。程朱理学成为官定的科考依据。在社会上造成一种“非朱子之传不敢言”的窒塞空气，成为禁锢人们思想的牢笼，使得思想学术界绝少有人去正视和研究社会问题。
清朝还用大规模编修《康熙字典》、《古今图书集成》、《四库全书》等办法来牢笼文人。参加《四库全书》编纂的知识分子多达三百余人，历时十年。在编纂过程中，清政府大规模销毁不利于清朝统治的所谓禁书。尽管这种浩大的图书集中工作客观上对文献典籍的保存有一定的贡献，但不能因此掩盖了统治者利用这种方式推行文化专制主义的初衷。
在清政府文化专制主义统治下，清代知识分子大都“辟席畏闻文字狱，著书只为稻梁谋”。他们满腹经纶，却不能用来“经世致用”，他们熄灭自己的天才思想的火花，埋头在故纸堆里，束发就学，皓首穷经，脱离现实，不问世事，一味地从事典籍的训诂、校勘、辨伪、辑佚等工作，从而使所谓“乾嘉考据学”盛极一时。
当一个国家的知识分子的思想完全被禁锢了，社会就失去了改革与发展的动力，没了生机。这犹如一个患了癌症却不曾自察也不肯让他人诊断的巨人，等待他的只能是被毒瘤吞噬的命运。
