东汉末年，农民起义爆发，在黄巾起义的打击下，东汉王朝四分五裂，地方割据的局面渐渐出现。随着董卓乱政，到建安元年（196年），汉献帝辗转回到洛阳时，割据局面已经形成。就在这一年，曹操迎汉献帝迁都许县（今河南许昌），取得了“奉天子以令不臣”的政治地位。曹操开始在许都附近实行屯田，并操练士兵，渐渐地，曹操的势力已经控制了黄河以南。建安五年（200年），曹操和控制黄河以北的袁绍决战官渡，以少胜多大败袁绍，为他统一北方打下基础。建安十三年（208年），曹操率20余万众、号称80万大军东进，与孙吴联军大战于赤壁。赤壁之战奠定了三国鼎立的基础。之后刘备据汉中，孙权占据东吴。220年，曹操死，其子曹丕篡夺汉献帝皇位，在洛阳称帝，国号魏。次年，刘备在成都称帝，国号汉。同年，孙权在建业称王，国号吴。三国鼎立局面正式形成。到公元256年，司马炎建立西晋，三国鼎立局面从出现到结束也就50年左右。这一时期的北方少数民族也进入了中原地区，不过多是安置在中原，而不是侵略。但随后西晋的暴政和八王之乱的出现，为少数民族在中原建立政权提供了契机。整体上来说，三国两晋南北朝时期是我国民族大融合的一个重要时期。
魏晋南北朝时期，活跃在北方和东北的少数民族主要有匈奴、羯、鲜卑、敕勒和柔然等民族。从西汉中叶起，原生活在蒙古高原的匈奴不断的南迁，被汉朝廷安置于今陕西、甘、宁和内蒙古的广大地区。此时的匈奴主要战斗力都被打败，一部分西迁，更所的是选择了降服。到东汉时期，南迁的匈奴人口越来越多。东汉末南匈奴呼厨泉单于率部归附曹操。曹操把匈奴分散安置在西河、太原、雁门、新兴、上郡和河东6郡。此时的鲜卑摆脱匈奴的控制之后，在东北发展起来。鲜卑的主要部落有中、东、西三部，后联盟瓦解，其中的慕容氏、宇文氏、段氏等发展起来，也卷入了西晋末年的动乱。而敕勒活动在漠北，柔然活动在西域。由于北魏的防守，并未能武力扩张到中原。
当时，西北地区的少数民族主要有羌、氐、吐谷浑和西域诸族。东汉时期，大批羌族就东迁到今甘肃、陕西地区。东汉末年，羌人参加了农民起义，被董卓镇压后，参加割据混战。三国时期，关中的羌人主要分布在北地、新平、安定等郡。汉中也有羌人，但因长期与汉人同居，已与汉人无太大区别。汉武帝时，氐族被安置在酒泉郡。三国时期，氐族被迁到关中诸郡。吐谷浑居住于青海地区，与中原政权保持和亲关系。西域诸族与中原的关系时断时续，整体上没有大的战争。
自汉武帝解决匈奴的侵扰问题，北方的少数民族大多选择依附汉朝。而在汉朝的内迁政策下，各少数民族纷纷汉化。到东汉末年，内迁的少数民族汉化已经达到一定程度。而又因为曹魏的军事战斗力较强，防守北方，所以北方的少数民族在三国时期较少发生侵扰战争。而是到西晋末年，参加了割据混战。
