太平军被俘后，清军那是毫不手软，基本都杀害了，八旗也好，汉军也好，有点身份的单个剐，小头目集体砍，打惨了还屠城，特别是湘军的将领，个顶个的屠人好手，比如曾国藩外号“曾屠夫”，曾国荃的外号“曾剃头”，彭玉麟的外号“活阎王”，王鑫的外号“王老虎”等，尤其是曾大帅，虽然功劳最大，成就最高，但杀戮过重，在历史上留下诟病。
李鸿章在剿灭太平军时，手段也狠辣，苏州杀降、捕杀护王，肃清江苏之日，即被封为一等肃毅伯。
再看看太平天国的这些王们，无论大王还是小王，只说被俘的，翼王石达开、英王陈玉成、忠王李秀成、靖王李开芳、愍王洪大全、干王洪仁轩、求王林凤祥、祜王蓝成春，启王梁成富，扶王陈得才等，太多了，都被杀害，有的是当场就砍了，有的是集体枭首示众，有的是押解到北京杀害的，且相当一部分是处以千刀万剐，给剐死的，封了2000多个王的太平天国到覆灭时，这些王们全死了，一个不留。
图为常安军，也叫华尔洋枪队，是一支由外国人训练中国人组成的洋枪队，主要镇压太平天国运动，烧杀抢掠，臭名昭著。
除了这些王们，还有下级将领、小头领带人投降或被俘的，基本是枭首凌迟，比如《僧格林沁奏折》记载，求王林凤祥被俘后，底下小头目萧风山带领着91人出降，除了小孩，其它人全被被砍，无赦免；《琦善奏折》记载，在江苏仪征县俘获为太平军运粮的农民24人，直接被就地正法；《和春奏折》记载，在庐江县生俘180多名太平军，头目凌迟，士兵砍头；另外《蛮氛汇编》记载，当年僧格林沁为祭奠阵亡清军将士，捆缚8000名太平军俘，集体挖心活祭；《曾国藩奏折》记载，湘军底下悍将吴坤修在攻打江西时，每抓获战俘必剥皮挂树。
程学启，曾为太平军陈玉成的部属，安庆陷落后降了清军，归属李鸿章淮军，累战功至南赣镇总兵，加提督衔，1864年攻嘉兴时战死。
不过在剿灭太平天国前期时，也有一些战俘为清军所用，但屈指可数，比如陈玉成的部下程学启带着丁汝昌等300人投降了曾国荃，曾当时为了战局考虑而暂时收留，但并不相信他们，每战都让其冲在最前面，谁知这伙战俘很勇猛，后来程学启官至总兵，而丁汝昌我们都熟悉，北洋水师提督，民族英雄。此外还有韦俊，他是韦昌辉的弟弟，韦昌辉因天京之变被杀后，韦俊投降清军，被封为参将，他也是极少投降未杀的太平军将领。
图为到南美的华工们正在接受身体检查。
网上有传闻，说太平天国覆灭后，有大量俘虏被清政府卖给葡萄牙商人，然后远渡南美洲从事矿工奴隶，为了争夺硝石矿，还帮智利打败了秘鲁，获得了永久居住权，但通过《海外华人发展史》查看，当年在南美洲确实有很多华工，并组成了武装力量，这些人是陆续前往南美谋生，与清政府和太平军无关。
