康熙六年（1667年）七月十七，也就是康熙皇帝正式亲政后的第十天，康熙朝初年四位辅政大臣之一的鳌拜，罗列了同为辅政大臣的苏克萨哈的“二十四大罪状”，并且以极其蛮横的手段逼迫康熙皇帝下旨将苏克萨哈全家处死，这便是历史上著名的“鳌拜擅杀苏克萨哈事件”。
就在鳌拜杀掉苏克萨哈之前的不久之前，索尼已经去世，而即便是他还在朝堂，已然不会为苏克萨哈求情，同样不会求情的还有遏必隆，因为索尼、遏必隆、鳌拜本就与苏克萨哈之间有着根深蒂固的矛盾，而这份矛盾也是持续了四十多年的两黄旗与两白旗矛盾的集中体现。
而登基后的皇太极，为了提高自己的地位，首先采取的措施就是实施“黄白对调”。
努尔哈赤时期，八旗势力分布的情况是：正黄旗（45牛录）、镶黄旗（20牛录），由努尔哈赤亲自统领；正红旗（25牛录）、镶红旗（26牛录），由代善及其长子岳托统领；镶蓝旗（33牛录），由阿敏统领；正蓝旗（21牛录），由莽古尔泰统领；正白旗（25牛录），由皇太极统领；镶白旗（15牛录），由褚英长子、努尔哈赤之孙杜度统领。
而努尔哈赤在其晚年的时候，又对其统领的两黄旗做了新的调整和划分，他让大妃阿巴亥所生的三个儿子即阿济格、多尔衮、多铎，每人统领15个牛录，剩余的20个牛录自己统帅做了亲军。与此同时，他还明确指出阿济格是镶黄旗旗主，多铎是正黄旗旗主，并且自己死后将20个牛录的亲军全部交给多铎统领。
在这之后，努尔哈赤去世，皇太极登上汗位，并且夺下了镶白旗，让自己的长子豪格统领。
此时，皇太极手中掌握的是正白旗和镶白旗，多尔衮三兄弟这面则是多铎掌管正黄旗，阿济格与多尔衮共领镶黄旗。
然而，八旗如此分布对于皇太极来说是非常的不利的。
一来，按照努尔哈赤时期制定的八旗拱卫与驻扎次序，两白旗分别排在了左右翼之末，尽管当时没有明确的指出八旗的排名顺序，但是这样的座次位置却也暗指了两白旗末尾的地位，这必然是皇太极所不想看到的。
二来，满洲人以黄色为尊，身居汗位却不能坐享“黄色”，无疑是对皇太极身份与地位的一种怀疑与贬斥。
于是，皇太极下令，在保持两黄旗与两白旗统领牛录数量不变的情况下，改换旗帜与服装颜色，皇太极也由此开始统领正黄旗与镶黄旗，并且将其确立为左右翼之首的位置；而阿济格、多尔衮、多铎统领的两旗则正式从两黄旗换成为了两白旗，位列右翼之中。
也正是这次“黄白互换”事件，使得在两黄旗与两白旗之间由此产生了巨大的矛盾。
在此之后，皇太极为了加强自己的专制统治，对于两白旗也进行积极的打压。
他先是找借口罢免了阿济格的镶白旗旗主之位，改由多尔衮担任。又因为多铎统领的正白旗是所有八旗之中，势力最为强大的一旗，于是他又不断限制正白旗的发展，之后还将两白旗进行了重组，该让多尔衮统领正白旗，多铎统领镶白旗。与此同时，皇太极也是找寻一切机会，进一步的打压多尔衮兄弟，特别是将阿济格和多铎的亲王爵位降为了郡王。而后金天聪九年（1635年），皇太极吞并正蓝旗，并且正式确立了镶黄旗、正黄旗和正蓝旗的“上三旗”位置，由此也从地位上对于包括两白旗在内的其他“下五旗”进行压制。
然而伴随着清崇德八年（1643年）皇太极去世，顺治皇帝登基，多尔衮出任摄政王并成为大清王朝的实际统治者，两黄旗与两白旗的地位发生了根本性的转变。
这一时期，多尔衮大肆重用两白旗的官员和将领，朝中关键性的重要职位基本都为两白旗所垄断。这其中就包括了苏克萨哈，当时他是多尔衮的绝对亲信，深受多尔衮的信任与器重。
与此同时，由于多尔衮在与豪格争夺皇位期间，两黄旗的高级官员和将领给多尔衮造成了巨大的困扰与阻力，所以掌权后的多尔衮随即开始对于两黄旗进行极力打压。
一来，他对两黄旗内部进行了分化和瓦解。
他以威逼利诱的手段使得包括何洛会、谭泰、冷僧机等人选择了投靠自己。
二来，对于誓不屈服于自己的索尼、鳌拜、图尔格、图赖等人，多尔衮予以了残酷的迫害。
索尼被直接降职发配到了盛京看守皇陵，而鳌拜更是先后三次被多尔衮惩治，不仅爵位尽废，职务一撸到底，甚至还险些丢掉了性命。
三来，多尔衮极力抬高两白旗的地位，加强对于皇权的控制。
他不仅将原本属于“上三旗”的正蓝旗降入了“下五旗”，将自己统领的正白旗置于“上三旗”之列，将按照八旗传统分配给两黄旗的京畿附近的土地，全部分给了两白旗，反而将两黄旗的部众全部安排在了“左右翼之末”的位置，不仅远离京城，排序地位上更是受到了打压。
顺治七年（1650年）多尔衮去世后，顺治皇帝夺下多尔衮统领的正白旗，改由皇帝本人直接统领，并依然将其置于“上三旗”之列。
然而，尽管看似此时镶黄旗、正黄旗、正白旗三者的利益应该是一致的，但是由于此前四十多年的矛盾累积，加上多尔衮专政时期“黄白冲突”的持续升级，使得在两黄旗与两白旗之间，这份根深蒂固的矛盾已然是无法调和，而这也直接影响到了康熙朝初年的政治格局。
苏克萨哈被排挤和打压，实际上也是历史的必然。
顺治十八年（1661年），弥留之际的顺治皇帝安排了索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜为辅政大臣，其中索尼为首辅大臣。
然而对于这样的安排，鳌拜是极为不满的。
在鳌拜看来，他此前立下战功无数，并且是被皇太极所认可的“满洲第一巴图鲁”，论军功就连首辅索尼都是望尘莫及的，所以即便是论资排辈，他也应该排在索尼之后，位列四位辅政大臣的第二位。然而顺治皇帝却将其排在了最后一位，这必然让鳌拜产生了极度的心里不平衡。
再退一步讲，遏必隆作为努尔哈赤时期“开国五大臣”之一的额亦都的儿子，再加上其生母为努尔哈赤的女儿穆库什公主，如此高贵的出身使其排在鳌拜之前，对于此鳌拜可以接受。
但是对于将自己至于苏克萨哈之后，鳌拜必然是彻底无法接受的。
实际上，不仅仅是鳌拜，朝中绝大多数的官员对于苏克萨哈都是采取了非常排斥的态度，而这与苏克萨哈此前的经历密不可分。
前文中也说到了，苏克萨哈是多尔衮重要心腹大臣，得到了多尔衮的培养和重用，身居高位，然而在顺治八年（1651年），顺治皇帝清算多尔衮的过程中，苏克萨哈主动投靠了郑亲王济尔哈朗，并且是第一个站出来揭发多尔衮有“不臣之心”。
“苏克萨哈隶睿亲王多尔衮属下，王薨，苏克萨哈与王府护卫詹岱等讦王谋移驻永平诸逆状，及殡敛服色违制，王坐是追黜。”
与此同时，大量多尔衮的旧部与亲信，因为苏克萨哈的检举与揭发而被惩治，可以说顺治皇帝能够以极快的速度彻底清算并铲除“多尔衮集团”的势力，苏克萨哈功不可没。也正是因为如此的“功绩”，苏克萨哈为顺治皇帝所信任并器重，其不仅在顺治朝时期继续担任朝中要职，更是在顺治皇帝去世后被任命为辅政大臣，委以了“托孤”重任。
然而，尽管包括索尼、鳌拜、遏必隆等人，皆从“清算多尔衮”的过程中获益，重新崛起于朝堂之上，但是他们以及朝中绝大多数存有“正义感”的官员对于苏克萨哈这种“卖主求荣”的行为，是极为鄙视的，特别是索尼，是自始至终，都是非常看不起苏克萨哈。
当然，鳌拜也是抱有同样的心态，尽管后来在皇室的干预与主持下，鳌拜与苏克萨哈结下了姻亲关系，但是丝毫不能改变两人之间的根深蒂固的矛盾。这其中有鳌拜与苏克萨哈本人的矛盾，也有两黄旗与两白旗之间的矛盾。
而这一时期鳌拜在与苏克萨哈争端的背后，实际上还有两个重要的“支持者”，这便是索尼与遏必隆。
出身于正黄旗的索尼与出身于镶黄旗的鳌拜，因为两黄旗历来密不可分的传统，本质利益上是一致的，所以年老多病、常年告假的索尼自然会选择鳌拜所谓其在朝堂上的利益“代言人”，进而在此后鳌拜所制定的一系列举措之中，选择支持鳌拜。遏必隆那就更不用多说了，他与鳌拜都是出身于镶黄旗，再加上其本人有勇无谋，一直以来都是依附于鳌拜，自然而然的就成为了鳌拜的“同党”。
所以在这样的情况下，朝堂上的政治格局从“四大臣辅政”逐渐发展成为了“鳌拜专政”，而在对待苏克萨哈的问题上，三人更是结为了政治利益的“共同体”。
鳌拜专权日盛，苏克萨哈之死已经是不可避免。
康熙五年（1666年）的“圈换旗地之争”，鳌拜与苏克萨哈展开了一次激烈的正面对抗。
关于“圈换旗地之争”的背景，前文中已经做了介绍，实际上这也是“多尔衮专政”的产物。而此时的鳌拜则希望借由“换地”对两白旗进行报复性的打压，进而提升两黄旗的地位。也因为有着如此的目的，索尼和遏必隆均表示了支持。
尽管苏克萨哈知道自己所在的正白旗的利益将要受损，但是已然被排挤孤立的他也只能用默认的方式吃下这个“哑巴亏”。
但是事情的进展并不顺利，鳌拜的这一决定不仅是两黄旗的人不领情，两白旗的人反对声激烈，甚至连京畿周边的汉人也因为土地被进一步圈占而怨声载道。
于是，当时负责执行此事的户部尚书苏纳海、直隶总督朱昌祚以及直隶巡抚王登联上疏反对此事继续推行。
“旗人安业已久，民地曾奉谕不许再圈。”
然而，这并没有阻止鳌拜“换地”的决心，他非但没有停止执行“换地”政策，反而借机杀掉了出身于正白旗的苏纳海，就连汉军旗人朱昌祚及王登联也被鳌拜处死。
可以说在这场“换地之争”后，苏克萨哈在朝堂上是更加的颜面扫地，死死的被鳌拜所压制。
时间到了康熙六年（1667年），索尼上疏请求康熙亲政后不久去世，可以说这让鳌拜彻底失去了朝堂上的“枷锁”，已经没有人能够限制和牵制鳌拜。
这一年的七月初七，康熙皇帝正式宣布亲政，于是苏克萨哈上疏请辞，希望为顺治皇帝守陵。
然而鳌拜却借机反扑，给苏克萨哈网罗了“二十四条大罪”，请求康熙皇帝要将苏克萨哈及其长子凌迟处死外，还要将其全家上下尽数屠灭。对于这样的要求，康熙皇帝当众拒绝，然而行伍出身的鳌拜这个时候是大闹朝堂，撸胳膊挽袖子摆出了一副以死相拼的样子。
在这样的情况下，康熙皇帝可以说是被鳌拜“胁迫”着依着鳌拜的意思，将苏克萨哈及其家人或处死、或流放，不过要求不能凌迟处死苏克萨哈，只能对其予以绞刑。
就这样，伴随着苏克萨哈之死，鳌拜的擅权专政也达到了最高峰，而这无疑更加坚定了康熙皇帝除掉鳌拜的决心。
终于在康熙八年（1669年），借由赫舍里氏家族的鼎力支持，康熙皇帝“智擒鳌拜”，将权力收归手中，同时也为苏克萨哈进行了平反，让其尚存活于世的幼子苏常寿袭承了其爵位和职务，也算是对苏克萨哈进行了补偿。
