第三军医大学现改名为陆军军医大学，是部队医学院校，校址在山城重庆。南方医科大学是原来的第一军医大学，现在是地方院校，校址在广州。两个八年制都是临床医学或口腔医学，是热门专业。

陆军军医大学通过提前批次招国防生，办理入伍手续，五年毕业办理转干，定级为正排，授学士学位，八年为正连，授予硕士学位。一本批次招地方生，南方医科大学只招地方普通学生。如果想参军入伍，只能上陆军军医大学。在地方工作，两所大学皆可选。

按地域选学校，如果在珠三角工作选南方医科大学，其他地方工作选陆军军医大学。两个学校实力应该军医大学强于南方医科大学。

第三军医大学

中国人民解放军陆军军医大学是一所具有悠久历史和光荣传统的全国重点大学、军队重点建设院校、全国首批博士学位授权单位、首批开办八年制医学教育高校。大学前身可追溯到建于1937年的国立中正医学院、1941年的第二野战军医科大学和1946年的第四野战军医科学校。1954年原第六军医大学（南昌）、第七军医大学（重庆）合并组建第七军医大学，1975年更名为第三军医大学。2017年，根据军委改革方案和陆军整编命令，以第三军医大学、白求恩医务士官学校（河北石家庄）为基础，纳入西部战区陆军综合训练基地军医训练大队（新疆呼图壁）、解放军第八医院（西藏日喀则）、解放军第二六○医院（河北石家庄），组建陆军军医大学。

开设临床医学、基础医学、预防医学、口腔医学、药学、护理学、生物技术、生物医学工程、医学影像技术、医学检验技术、公共事业管理等11个本科专业。拥有博士学位授权一级学科10个，硕士学位授权一级学科12个,博、硕士专业学位类别7个，博士后流动站9个，国家重点学科13个、重点培育学科4个，国家重点实验室、工程实验室（中心）6个，教育部、军队重点实验室32个，临床医学、药理学与毒理学、生物学与生物化学、分子生物学与遗传学、神经系统学与行为学、免疫学、化学等7个学科领域进入国际ESI前1%。现有两院院士3名，高级专业技术人员880人，三级以上教授26人，“国家杰青”和“长江学者”特聘教授29人，“青年长江”和“国家优青”25人，13个团队入选国家教育部、科技部、自然科学基金委创新团队。

开设八年制的专业有：临床医学（八年制）、基础医学八年制、野战外科学（八年制）、预防医学（八年制）等4个专业，毕业均授予博士学位。

国家重点学科（13个）：免疫学、内科学（呼吸系病）、内科学（心血管病）、内科学（传染病）、外科学（烧伤）、外科学（野战外）、外科学（普外）、外科学（泌尿外）、外科学（胸心外）、外科学（骨外）、外科学（神外）、外科学（整形）、军事预防医学。

国家重点（培育）学科（4个）：人体解剖与组织胚胎学、内科学（消化系病）、眼科学、卫生毒理学。

南方医科大学

南方医科大学前身为中国人民解放军第一军医大学，创建于1951年，1979年被确定为全国重点大学，2004年8月整体移交广东省，更名为南方医科大学。学校是广东省高水平大学重点建设高校中唯一的医学院校，全国首批、广东省唯一一所“部委省”共建高校，全国首批开设八年制本硕博连读临床医学专业的8所高校之一，全国首批卓越医生教育培养计划试点高校。

办学规模：面向全国31个省、自治区、直辖市及港澳地区招生。现有19个教学机构，开设本科专业35个，其中8个国家特色专业，10个广东省特色专业，6个广东省名牌专业，2019年12个专业获首批国家一流本科专业建设点。全日制本科生13588人，研究生5564人，留学生1043人。本科生与研究生年度招生比例1.67:1，博士招生规模位列全国独立医学院校第2，在广东所有高校中排名第3。

学科建设：现有10个博士学位授权一级学科，8个博士后流动站，其中医学类博士学位授权一级学科数在全国独立医科院校中排名第二。拥有5个国家重点及培育学科。

开设八年制的专业有：临床医学(本硕博连读)

国家重点学科（3个）：人体解剖与组织胚胎学、内科学（消化系病）、中西医结合临床等。

国家重点（培育）学科（2个）：病理学与病理生理学、外科学（骨外）等。

点评；

一、第三军医大学开设八年制的专业有临床医学（八年制）、基础医学八年制、野战外科学（八年制）、预防医学（八年制）等4个专业，毕业均授予博士学位；南方医科大学开设八年制的专业有临床医学(本硕博连读)。第三军医大学开设八年制专业多。

二、第三军医大学拥有国家重点学科13个、国家重点（培育）学科4个，博士学位授权一级学科10个、博士后流动站9个；南方医科大学拥有国家重点学科3个、国家重点（培育）学科2个，博士学位授权一级学科10个、博士后流动站8个。第三军医大学学科实力强。

综上所述，第三军医大学整体实力强，应该选择第三军医大学。

一个以前是第一军医大，一个是三军医大，反正军医大学以前主要就是这四所。都很不错。不过加起来都不如大成都的华西，比西南医科大也还差点。