这个问题其实并不准确，第一次直奉大战时其实是直奉双方联合控制北洋政权，不是奉系独掌。而直皖大战和第二次直奉大战倒是掌握了中央大权的一方失败，这主要是因为谁掌权谁就是众矢之的，会遭到各方势力的围攻，自然容易失败。
辛亥革命以后，中国进入了军阀割据时期。特别是袁世凯死后，原本实力最强的北洋军阀四分五裂，各路大帅征战不休。这小军阀之间的战斗，主要是为了争夺地盘。大军阀除了地盘之外，还会争夺北洋政权的控制权。
因此一般来说控制北洋政权的，是各军阀中实力最强的那一个。
然而民国时期的军阀混战很大一个特点就是没有一家人拥有绝对的优势。而且没有一个军阀希望别人获胜，所以谁一旦控制了北洋政权，成为实力最强的军阀，就会成为众矢之的，成为其他势力共同打击的目标。
像袁世凯死后，最早执掌北洋政府大权的是段祺瑞。像张作霖、阎锡山等人早期都是段祺瑞的旁系。段祺瑞也是多次提出武力统一的口号，试图兴兵南下攻打西南地方军阀。还向日本政府借款，以参加一战名义编练属于自己的私军。
段祺瑞此举自然遭到了其他军阀的反对。直隶督军曹锟、江苏督军李纯、江西督军陈光远、湖北督军王占元、河南督军赵倜和占据东三省的张作霖联手共同倒段，并最终击败了段祺瑞。
直皖大战后曹锟和张作霖联合控制了北洋政权。不过很快曹锟和张作霖为了争权夺利而爆发冲突，张作霖战败，曹锟独占了北洋政权。
曹锟控住了北洋政权以后，直系的势力大张，他就取代了段祺瑞成为众矢之的。张作霖一面练兵备战，一面积极拉拢盟友，想报一箭之仇。最终张作霖、段祺瑞和孙中山组成了反直三角同盟，约定联合反奉。
在段祺瑞的拉拢下，陆军巡阅使冯玉祥、山西督军阎锡山、山东督军郑士琦等都陆续支持了张作霖。最终张作霖在第二次直奉大战中获胜，击败了直系。
所以并不是北洋政府打不过地方军阀，而是军阀混战时期始终没有一人能拥有绝对优势。一旦有一方强大起来，就会成为其他军阀共同打击的目标，并最终失败。所以这是军阀割据时期特有的一种现象。直到北伐战争以后才结束。
