历史上真实的秦始皇，并不像司马迁笔下记载的一样不堪。原因在于秦始皇的行为和性格，和传统儒学格格不入，作为崇尚儒学的司马迁，不会说他什么好话。同时也是为了借此警示汉朝朝廷。
一、秦始皇的反儒，和儒家的反秦。
历史上的秦国到秦始皇一统天下的秦朝，均采用法家治国之道，可以说当时儒生没有什么地位。而秦始皇的所作所为，往往和儒家思想是对着干的。秦始皇一统天下之后，废除分封，加强中央集权，强制迁移六国贵族，以法治治天下。而儒家认为，应该实行仁政。秦军攻破邯郸之后，秦始皇命人杀了当年，在邯郸欺负过他们母子的人。儒生给秦始皇扣了一顶帽子——暴君。但是秦始皇杀的都是反对他的六国的王侯将相，从来没有屠过任何一个城池和百姓，没有冤杀过一名功臣，但是儒生就当作没看见。
儒生们喜欢叽叽喳喳的讨论政事，整天乱提意见，秦始皇一生气，把民间儒家典集全部给烧了。你想呀!如果当年把所有的儒家典集全都给烧光了，那100多年之后，董仲舒想咸鱼翻身可能吗？当时烧毁的不过就是一些民间杂书，王宫和贵族那里的书籍可都没有动。一群没有炼成长生不老药的方士被秦始皇给活埋了，好了，这也给了儒生们借口，异口同声说——暴君。
儒家认为尊卑有序，嫡庶有别。秦始皇就偏偏平等看待所有的儿子，谁能力强谁就可以上位？最终去逝后，皇位传幼不传长。对于秦始皇来说，哪有那么多规矩，能打赢就是规矩。儒生们又说——暴君。儒家只想让做什么事都有着规矩，而秦始皇就认为有那么多规矩，还做什么屁的大事啊！
从秦朝到汉朝，儒生们的地位发生了翻天覆地的变化。罢黜百家独尊儒术之后，反秦思想占据主导，把秦始皇写得不堪入目是为了去更好地建立儒家的正统秩序。作为崇尚儒学的司马迁，把秦始皇称为暴君也再正常不过了。
二、司马迁有借古讽今，警示朝廷的意思。
如果把秦始皇一生杀的人和汉武帝一生杀的人放在一起对比，那秦始皇嬴政简直就是千古仁君呐！哪像汉武帝刘彻动辄就灭人九族，巫蛊案中杀一次就是几万人。由此来看这汉武帝刘彻才是难得一见的暴君。为了打击匈奴人，它增加苛税，集全国之力，劳师远征，弄得国库空虚，民不聊生。朝廷之内，谁有意见，脑袋就得搬家。虽然为后世留下了很大的历史功绩，但不得不说，当时也是危机四伏，难服人心。司马迁不过是和他的看法不同，替李陵说了几句话，结果被汉武帝直接给阉了。你说像司马迁一样的儒生，如果想表达自己的意见，敢直接和汉武帝对着干吗？所以他记载了汉武帝一切的所作所为，但并不去评论。同时列举了秦始皇的条条罪状(当然有些罪状是儒生们编的)，得出一个结论，暴政必亡。这其中显示了司马迁心酸的过去和现实中的无奈。
三，抹黑秦始皇，才能彰显汉朝统治的正统性。
那个时代对于身份、血统、出身的观念是根深蒂固的，在贵族们的眼里，刘邦的出身就是个市井无赖。反过来说百姓也会问了，这天下的皇帝，怎么就让这泼皮无赖给做了呢？所以这司马迁自有他的聪明之处，他一边批评秦始皇残暴，一边赞扬项羽的英勇。也就是说秦始皇错了，项羽推翻他是对的。同时，刘邦又是西楚霸王项羽分封的汉王，这是名正言顺地获得了贵族身份。后来又说项羽这个人太笨，他治不了天下，所以这天下就到了刘邦的手里。这跟今天前后任领导是冤家一样，把前任批的体无完肤，正好彰显我自己有多英明。所以汉朝的正统性也正是建立在对秦始皇的批判的基础之上。
真正的秦始皇，远不像司马迁在史记中记载那么残暴，之所以有选择性的记载和发挥，有当时的政治因素，有儒家观点的影响，也有司马迁个人的情感需求。
