对于商鞅的历史功绩，司马迁不是没有清楚认识。他在《太史公自序》中说“鞅去卫适秦，能明其术，强霸孝公，后世遵其法。作《商君列传》第八”，还把商鞅传记安排在了《史记》战国人物列传的第一篇。但是，我们在读《商君列传》时，却分明感受到司马迁对传主溢于言表的厌恶和贬抑。
司马迁为什么讨厌商鞅？从大的方面说，是因为学术观念及立场的不同。对于法律，司马迁在《酷吏列传》开篇有一大段议论。他引用了孔子的“道之以政，齐之以刑，民免而无耻。道之以德，齐之以礼，有耻且格”，老子的“上德不德，是以有德；下德不失德，是以无德。法令滋章，盗贼多有”，然后表明自己的观点：“信哉是言也！法令者治之具，而非制治清浊之源也。昔天下之网尝密矣，然奸伪萌起，其极也，上下相遁，至于不振……汉兴，破觚而为圆，斫雕而为朴，网漏于吞舟之鱼，而吏治烝烝，不至于奸，黎民艾安。由是观之，在彼不在此。”可见，司马迁的政治观点为儒家仁政德治、礼乐教化与道家清净无为的综合。在他看来，法律仅仅是政治的辅助工具，而非其清浊安危之源。对于严刑重罚所带来的危害，司马迁在思考秦史、汉武任用酷吏以及自身遭遇的基础上，比一般人有着更为清醒的认知和痛切的体验。
而严刑重罚的始作俑者，则为商鞅。在《商君列传》中，司马迁详尽展现了商鞅变法、制法、尊法、用法、陷法的过程。一开始，商鞅（当时还没有封地于商，史称卫鞅）与甘龙、杜挚展开了争论。商鞅变法的理由是：“圣人苟可以强国，不法其故；苟可以利民，不循其礼”，“治世不一道，便国不法古”。而保守派的观点则相对无力，“因民而教，不劳而成功；缘法而治者，吏习而民安之”，“利不百，不变法”。对于急于走出“诸侯卑秦，丑莫大矣”困境的秦孝公来说，商鞅的主张显然更能引发其兴趣。
在秦孝公的支持下，商鞅制定了秦国的新法令。其要有三：一，以户籍为手段，加强对民众的控制。民众有二子不分家的就要赋税加倍，不能随意迁徙。什伍连坐，鼓励告奸。二，重农抑商，耕织致粟帛多者可以免除赋税。三，禁止私斗，以军功爵位重塑社会等级。根据爵级分配田宅、臣妾、衣服器用，即使宗室，无功者也没有显赫地位。宋人叶适曾经一针见血地指出：“先王以公天下之法，使民私其私，商鞅以私一国之法，使民公其公，此其所以异也。”（《习学记言序目》卷二十《史记》）
之后，商鞅用了一系列手段来信法、尊法。法令正式公布之前，他下令在城南门树立一根三丈之木，声称能有将其移到北门的，就奖励十金。百姓很是奇怪，没人敢移。于是商鞅又把奖金提高到了五十金，后来有一人壮着胆子挪动了木头，果然得到了五十金。借此，商鞅向民众传递了有法必依的信号。接下来，因为太子犯法，商鞅“刑其傅公子虔，黥其师公孙贾”。先从高位者执法，通过杀猴骇鸡的行为，表明了一种雷厉风行、执法必严的态度。
十年后，商鞅之法收到了较好的效果。当初抱怨新法的民众前来赞美新法时，商鞅居然将其判为刁民而流放。这种奇怪的态度，是想堵住民众的议法之口，保持法律的神秘和威严。但是，与民众息息相关的法律，难道不能够允许他们表达感受和看法吗？商鞅太过傲慢了，认为自己制定的法律，是用来控制民众的，他们只需也只能被动顺从。而商鞅作为法律的制定者，大概从来也没想到自己也会陷入亲手所织的法网。
但是，报应很快来到。当秦孝公去世、秦惠王上台，商鞅被人诬陷造反，走向了末路。他在逃亡路上想要入住客舍，客舍老板回答说：“商君的法律，容纳没有证件的人住宿就要被连坐。”于是，一个绝妙讽刺的历史性画面出现了。商鞅喟然而叹：“嗟乎，为法之敝一至此哉！”商鞅的一生，因法而荣，位列丞相、封地于商；又作法自缚，最终受到了车裂极刑！司马迁在活现商鞅下场的画面中，流露出对其酷法的嘲弄和批判。
司马迁讨厌商鞅之法，归根到底是因为学术立场不同。他在传记结尾说：“余尝读商君开塞耕战书，与其人行事相类。卒受恶名于秦，有以也夫！”《商君书》今存，吾师李山曾概括其逻辑为：“思想上愚民，政治上弱民，经济上限民，战场上死民。”也就是，国家牢牢掌握生杀予夺、赏罚荣辱的大权，迫使民众务农。务农带来经济上的贫困，贫困导致民众胆小怕事。务农又固定了民众，导致他们质朴没见识，容易听从。这样，国家就可以利用农民改善生活的愿望，让他们到战场上拼命杀敌，幸而不死又表现得足够好，就可以得到爵位。这完全是一种站在国君立场上、将民众视为富国强兵之两足工具的做法，如何能为秉持民本思想的司马迁认可？他评其为“刻薄”，其虚也哉？！
司马迁讨厌商鞅，对其人格不齿也是重要原因。从学术人格来说，商鞅先以帝道、王道干谒秦孝公，见秦孝公没有兴趣就转向了霸道，完全没有学术操守。无论是什么术道，都是商鞅籍之飞黄腾达的手段而已，即“挟持浮说，非其质矣”。在这一点上，法家后学晁错宁愿赤族也要鼓动汉景帝削藩，在立身行事上要比商鞅正大得多。
从道德人格上说，商鞅最为卑劣的是，伐魏时欺骗公子卬。当初，魏惠王虽没有听从公叔痤的推荐而重用商鞅，但也没有迫害过商鞅。也就是说，商鞅对魏国并非像范睢那样有深仇大恨。但是，因为秦、魏接壤，秦国强大后，作为秦臣的商鞅从战略上选择攻伐魏国，倒也无可厚非。如果是战场上光明正大的实力较量，倒也罢了。问题是商鞅在战场上见到魏国主帅公子卬，就以故时情谊相招，号称不忍相攻，盟誓欢饮后罢兵。结果，他趁着公子卬赴宴之际将其暗杀，又在主帅被杀的慌乱之际大破魏军。在商鞅，老朋友的情谊也仅仅是其实现个人成功的手段而已。踏着朋友的尸体得到厚赏，这样的成功，值得荣耀吗？
司马迁安排了赵良这个人物，对商鞅这个彻底的功利主义者进行了批评。当商鞅得意地夸耀自己大筑冀阙、移风易俗之功并与百里奚比贤量德时，赵良回答说：五羖大夫施德诸侯，八戎来服，由余请见，又施惠国中，泽被后世，平日外出根本不用武备；商鞅则是“相秦不以百姓为事，而大筑冀阙”，“刑黥太子之师傅，残伤民以骏刑，是积怨畜祸也”，“后车十数，从车载甲，多力而骈胁者为骖乘，持矛而操闟戟者，旁车而趋。此一物不具，君固不出”。赵良劝商鞅及早全身而退，以图善终。商鞅当然不可能听从这个建议，最终走向了覆灭。
但是，司马迁并非两眼只盯星空的理想主义者。作为史学家，他清醒地知道，商鞅所处的时代是一个兼并争夺的时代。尽管其学其人皆不可爱，但是功利主义具备了大行其道的时代沃土。 商鞅之法，堪称衰世圣经，契合了秦国的历史文化条件，满足了其迅速由弱转强的需要。商鞅其人，虽然没有贤人君子的斯文风雅、高贵典正，但是野心勃勃，积极进取，又多智谋和务实策略，注定要在政坛上叱咤风云。最终，商鞅之流成了时代的弄潮儿，塑造了历史的大变局。但是，胜利之后又如何？商鞅所奠基的秦帝国仅仅十五年就土崩瓦解、烟消云散。
历史的吊诡之处在于，秦帝国崩溃后，商鞅之法却作为致治秘笈而历代相传，“千载犹行秦法政”。尤其是汉武帝时期，再次大用酷吏苛法。果真是可爱者不可用、可用者不可爱？司马迁将众多的历史感慨都付于此传中，“于鞅之为人，尽情贬抑，所以导人于正；而于鞅所行之事极力摹写，又所以不没其实，此本是特别文字，自当以特别之眼光读之”（李景星：《四史评议》）。
