公元前49年，凯撒只用60天时间就占据了意大利半岛，完成了对元老院集团的闪击作战。然而，暂时的意大利主宰地位，并不能确保自己获得最终胜利。以庞培为首的元老院势力，依然在四海拥有庞大的军队和利益勾兑集团。发生在罗马等地的风波，只能更加刺激他们进行疯狂反扑。因此，这场血腥的内战仅仅算是刚刚开始。
为了迅速出兵西班牙，凯撒在驱逐庞培之后就立刻开始整军备战。首先利用诡辩和暴力威胁等手段，夺取了留在罗马城的国库应急资金。随即利用这笔巨款为自己募兵和筹集战备资源。然后就将手中的部队分散各头，以便对不同方向做出预防性部署。
为了预防庞培可能发起的袭扰反击，凯撒安排2支部队驻守在意大利东南的布林迪西与塔林敦。那里都是外部世界通向半岛的重要海港。此后，他又向西派遣瓦勒里乌斯率领的1个军团，去专门接收已投诚的撒丁岛防务。还命令库里奥率领2个军团前往粮食产区西西里岛，并以此作为将来进攻北非的跳板。当然，凯撒也下令在东西海岸同时建造2支舰队，为接下来的渡海做好准备。最后，自己将整个意大利的守卫工作交给副官安东尼处理，并让准备远征的士兵们进入风光宜人的海滨城镇休养。
攻占罗马后，恺撒决定歼灭庞培留在西班牙的主力（7个军团），以保障后方安全和掌握战略主动权。他率领6个军团进军西班牙，在伊莱尔达战役获胜，失去首领的庞培军团未作认真抵抗即缴械投降，恺撒占领了整个西班牙；同期，恺撒部将德西乌斯·布鲁图斯和特雷波尼乌斯在马西利亚之围中获胜，攻克了与庞培派合作的马萨利亚。
随即恺撒进军希腊，一度战败于都拉基乌姆战役，但在公元前48年的法萨罗之战中彻底击败庞培追击到埃及。埃及人刺杀庞培后，将庞培人头献给恺撒。恺撒宣布埃及王位由托勒密十三世与他的姐姐克利奥佩特拉（Cleopatra，即埃及艳后）共享。此举惹恼埃及人，爆发亚历山大战役。
恺撒带领第六军团加上援军，彻底击败埃及军（亚历山大港战役），托勒密十三世阵亡，克利奥佩特拉登上埃及王位。会战期间，恺撒士兵所发射的火箭命中亚历山大城大图书馆，60多万本书毁于一旦。战役结束后，恺撒与克利奥佩特拉进行为期两月的尼罗河之旅，接着征讨破坏与罗马之间协约的潘特斯王国（本都王国），在泽拉之战获得胜利，留下了“我来,我看,我征服”的豪言壮语。
公元前46年，恺撒回罗马后召集军队，攻打逃至北非与努米底亚王犹巴结成同盟的庞培余党，一度在拉斯皮纳战役中败给昆塔斯·拉宾努斯，但于塔尔索斯会战（塔普苏斯之战）中获完全胜利。之后，恺撒回到罗马，进行长达十天的凯旋式。
当政期间，加强中央集权制，巩固统治基础。
首先，他以摧枯拉朽的方式破坏了旧的贵族共和体制，把军政大权集中于一身，基本上完成了向君主独裁制的过渡，把过去几百年发展中随时遇到问题、随时修修补补、牵强凑合起来的旧制度，做了一番整齐划一的工作。
其次，他企图逐步废除旧罗马作为一个城邦霸国所遗留下来的种种特权，把意大利各城镇的地位提高到和罗马相等，把各行省的地位提高到和意大利相等，并且把公民权陆续给子罗马的各个行省，使这个大帝国的统治集团基础更加扩大巩固。但这项工作仅只完成了一部分。
最后，他颁布反对行省官员勒索的法令，扩大授予罗马公民权的范围，建立退役老兵殖民地，实行自治市法，增设高级官职等。此外，他改订历法，推行"儒略历"。作为军事统帅，他善于并用政治手段与军事手段，分化瓦解和各个歼灭敌人；重视骑兵的作用，强调步骑兵协同作战；在兵力部署上建立了预备队，增大了战斗队形的纵深和稳定性。
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