在相关史料记载中，明太祖朱元璋与马皇后是历史上有名的恩爱夫妻，二人结婚之后，随着朱元璋东奔西走，在明太祖而言，马氏是很好的贤内助，帮助他管理好家中的一切事物，在军营中生活，马氏从来都不用自己的身份去压人，相反的她甚至把士兵们当做自己的亲人，为他们的缝衣衲鞋。而这对于朱元璋稳定军心有很大的帮助。明朝建立之后，马皇后更是节俭朴素。
而作为朱元璋从一无所有的乞丐，到华夏帝国的至尊，其阶层跨越之大，旷古烁今，马皇后几乎跟他从最底层走到最高层的，因而感情不是任何人可比的
马皇后于公元1382年去世，此后数十年间，明太祖朱元璋至死也未立皇后，可见对马皇后的深情。
明孝陵是明太祖朱元璋和皇后马氏的合葬墓，里面自然有朱元璋的遗体。
明孝陵，是大明王朝的第一个帝陵，这个皇陵的建立有着特殊的历史意义，
朱元璋亲手缔造了大明王朝，明孝陵就是大明王朝的根，
朱元璋的遗骨一定还安安稳稳的躺在明孝陵的地宫之中。
“南京有三怪，龙潭的姑娘像老太，萝卜当作小菜卖，十三个城门抬棺材。”
“十三个城门同时出棺材”的传说仍在南京民间流传。朱元璋知道自己杀戮太重，担心仇家在自己死后遭仇人报复，想出这个办法。
曹操是个名副其实的盗墓专业户，曹操在临终前，为避免别人来盗掘自己的陵墓，于是便下令设下“七十二疑冢”。这种方法固然能避免陵墓一时被盗，迟早也会找到。所以总的来说，这一说法实际上还是不太准确的，曹操墓之所以没有被盗掘，主要还是因为他所提倡实行的“薄葬”。
朱元璋比他做得更绝一些，十三个城门外一个疑冢都不设，外面只有一座明孝陵，却已经向世人提前声明这不是正确答案。
全祖望在诗的注释中说明了朱元璋是葬在朝天宫而不是明孝陵。根据甘熙的《白下琐言》记载，朝天宫早在宋代就有了，但并不叫朝天宫，
而叫“天庆观”，据说其中的三清殿下面就是朱元璋的真正葬处。
朱元璋死后葬于孝陵在正史中有着明确的记载。朱元璋的陵墓绝对是当时古代墓葬最先进的，朱元璋是直接把一座山挖空了。
朱元璋是否葬在明孝陵的问题并没有得到解决。
实际上，想要解决这些问题并不难，根本不用查阅任何史料，只需要将明孝陵地宫打开。
事实上在以前，真就有人想发掘明孝陵，但是很遗憾并没有成功。
但幸运的是，随着现代科技的发展，考古人员借助现代科学技术，对取得的数据信息进行分析和研究，确认这座地下宫殿保存得很完整。
明太祖朱元璋确实是葬在了明孝陵地宫内；
其次从对明孝陵的勘探研究中可以看出，明孝陵并没有被盗掘过。
朱元璋的遗体确确实实就是葬在了明孝陵。
我是小九，很高兴回答您的这个问题！
我们先说一下明太祖朱元璋与马皇后的死亡时间与原因
葬于紫金山明孝陵。洪武三十一年六月甲辰，上谥曰“钦明启运俊德成功统天大孝高皇帝”，庙号太祖。永乐元年（1403）六月十一日丁巳，增谥“圣神文武钦明启运俊德成功统天大孝高皇帝”。
朱元璋做了皇帝以后，想寻找马皇后的族人分封官爵，马皇后拒绝说：“分封爵禄偏爱外戚之家，不合乎法律。”马皇后坚决拒绝才停止了这件事。然而有时谈到父母早亡，马皇后常常痛哭流涕！
朱元璋去世后埋在江苏省南京市钟山南麓玩珠峰下的明孝陵，和马皇后合葬于此。1381年（洪武十四年），朱元璋命中军都督府佥事李新主持陵墓的营建工程，第二年八月，马皇后去世，九月葬入此陵墓，定名为“孝陵”。孝陵之名，取意于谥中的孝字，有“以孝治天下”之意，一说是马皇后谥“孝慈”，故名。
孝陵
以上↑就是小九对这个问题的回答，多多指教
明太祖朱元璋，十七岁父母双亡，是中华历史上出身最低的开国皇帝。
朱元璋建立明朝后，定都南京应天府。洪武十四年（1381年），选中了一块风水宝地，开建陵墓。
选中吉地前方居然是三国时期吴大帝孙权的蒋陵。
洪武十五年（1382年），马皇后去世，于是被先期葬入她与朱元璋的合葬陵。
洪武三十一年（1398年），七十一岁的朱元璋驾崩，他与马皇后合葬。
朱元璋去世后，传闻南京十三门全开，十三支送葬队伍，从不同的城门走出，让后世盗墓贼不知道自己准确的陵墓地址。
这只不过是民间传说而已，十三门大开同时出丧，只不过是后人牵强附会。
明建文四年（1402年）六月，燕王朱棣靖难之役，燕军攻陷南京。
永乐三年（1405年），孝陵地面建筑最后建成。
孝陵是朱元璋用了二十五年的时间建造而成的。
而且这制式是按照唐乾陵的样式做的，是横着凿进了山体里边。墓道隐蔽的非常好。
再说，孝陵您可以把他看成是明朝祖宗的根本之地。
这里边葬着朱元璋的挚爱马皇后。
明亡后，清朝继续对孝陵进行维护。
清康熙二十三年（1684年），康熙帝首次南巡到南京，亲往孝陵拜祭。令督抚地方官严加巡察。用以笼络江南人心。
清康熙三十八年（1699年）康熙帝在再下江南拜谒孝陵，书“治隆唐宋”。
之后乾隆帝六次南巡，次次至明孝陵“拈香奠酒”。
太平天国起义，明孝陵地表建筑全部毁于一旦。
清同治三年（1864年），两江总督曾国藩奉诏祭陵。
1961年，明孝陵被公布为首批全国重点文物保护单位。
明孝陵坐落在南京紫金山南麓独龙阜玩珠峰下，是合葬陵寝。
明孝陵不仅葬着与朱元璋殉葬的若干名妃嫔。
直到明英宗时期，朱祁镇再次废除殉葬制度。
明太祖和马皇后的坟墓是大明的第一座帝王墓，明太祖定都南京，因此他们的墓在南京紫金山明孝陵。
马皇后是历史上著名的贤后，可以与唐太宗的长孙皇后媲美。又因为她是开国皇后，有很多关于她的传说，为大家所津津乐道。她本是郭子兴养女，乞丐朱重八得到郭子兴信任后，许配给朱重八为妻。朱重八就是朱元璋，历史上出身最低的皇帝，没有之一。然而朱元璋的成功离不开身后贤德的女人辅佐。马皇后待人和亲，把士兵当亲人，又对朱元璋的义子视如己出，为朱元璋积蓄了力量，马皇后又调节后勤，梳理后方关系，免去朱元璋的后顾之忧。他们两个也是著名的恩爱夫妻。1382年，马皇后病逝，被朱元璋葬到孝敬，每年朱元璋都要去祭奠马皇后，并且随后的十几年一直没有再立皇后，可见朱元璋对马皇后的深厚感情。1398年，朱元璋驾崩，与马皇后合葬于孝敬，直到永乐十一年，孝敬才修缮完毕。孝敬综合唐宋两代帝王陵寝的所有规制，规模宏达，南朝70多座寺庙，半球都划归孝敬禁苑，现在也成为了国家重点文物保护单位，著名景点。
朱元璋与马皇后的合葬墓位于南京孝陵。
1328年马皇后去世，明太祖朱元璋命人把她葬入孝陵中。1398年，朱元璋崩殂，遂启用孝陵与马皇后合葬一起。至明永乐十一年（1413年）建成“大明孝陵神功圣德碑”，整个孝陵建成，历时长达30余年。其规模宏大，建筑雄伟，形制参照唐宋两代帝王陵墓而有所增益。建成时围墙内享殿巍峨，楼阁壮丽，南朝七十所寺院有一半被围入禁苑之中。
我是旅行者说文史，这个问题我来回答！
明朝开国皇帝朱元璋和马皇后的合葬陵墓位于位于江苏省南京市紫金山南麓，因马皇后死后谥号为“孝慈高皇后”，故得名孝陵。
朱元璋登基十四年后，就着手开始为自己修建陵墓，第二年，马皇后病逝，当年就葬在了孝陵。孝陵的主体工程在洪武十六年基本已经完工，但根据历代修建皇陵的制度，皇帝生前是不能将陵墓完工的，总不皇帝活得好好的，负责皇陵的监工大臣上书皇帝，皇陵已修好，就等皇帝入住了。所以，孝陵一直在永乐三年，也就是朱元璋死后七年后才正式完工，历时25年。
明孝陵开创了第一代皇帝陵寝的神道作为后世子孙陵寝共用神道的先例，所以，在今天北京的十三陵内，只有一条主神道，通向不同的十三个陵墓。明孝陵的神道与历代皇陵笔直的神道不同，明孝陵神道依地形而建，呈蜿蜒曲折的布局，并且在每一段落的节点之处，都会放置石像生，自有肃穆威严之势。明孝陵神道由东向西延伸，两旁依排列着狮子、獬豸(xiè zhì)、骆驼、大象、麒麟、马这6种石兽，每种2对，1对为跪姿，1对为站姿，共12对24件。明孝陵神道石像生的这6种石兽这也成为了明代皇陵神道的标准配置。
明孝陵作为中国明皇陵之首，有明一朝，备受尊崇。明成祖迁都北京，作为陪都的南京依然存在三省六部等正常的政府办公机构，所以，明朝的大小节日，都会对孝陵进行祭祀。每年都有固定的三大祭、五小祭。
明朝灭亡后，清朝皇帝为了利用朱元璋收买人心，借此安抚汉人，不仅对明皇陵实施了保护措施，还多次祭拜明孝陵。清康熙二十三年（公元1684年），康熙首次南巡，就抵达南京拜祭明孝陵，并行三跪九叩头礼，令“父老从者数万人，皆感泣”，有效的稳定了清朝的政治稳定。
康熙一生，六次南巡，五次前往明孝陵拜祭；乾隆皇帝六次南巡，每次都到明孝陵拜祭，且二人拜祭时均行三跪九叩之大参礼。
一直到了清后期，明孝陵的地表建筑才让太平天国的战火烧毁，康熙皇帝拜祭明孝陵亲笔书写的“治隆唐宋”碑也被推倒破碎。但陵寝的格局仍保留了原恢弘的气派，地下墓宫完好如初，没有被盗或者破坏。
明太祖孝慈高皇后马氏(1332年一1382年)，本名不详，是安徽宿州人，滁阳王郭子兴的养女，明太祖朱元璋的原配妻子。 1352年(至正十二年)，在郭子兴的主持下，马氏嫁给了时为红巾军将领的朱元璋。 马氏婚后与朱元璋感情深厚。在朱元璋平定天下、创建帝业的岁月里，马氏和他患难与共。 1368年(洪武元年)正月，朱元璋登基于应天府(今南京)，国号大明，建元洪武，册封马氏为皇后。朱元璋对马皇后一直非常尊重和感激，对她的建议也往往能认真听取和采纳。朱元璋几次要寻访她的亲族封官加赏，都被马皇后劝止。对于朱元璋屠戮功臣宿将，马皇后总是婉言规劝，使朱元璋有所节制。 马氏保持节俭朴实的生活作风，册后以后，仍亲自带领公主、嫔妃刺绣和纺织。她自己也是以身作则，平时粗茶淡饭，缝补旧衣。嫔妃皆敬服，都将她比拟为东汉时的明德皇后。 1382年(洪武十五年)农历八月，马皇后病逝，年51岁。同年农历九月葬于孝陵，谥号孝慈皇后。1403年(永乐元年)上尊谥号：孝慈昭宪至仁文德承天顺圣高皇后。1538年(嘉靖十七年)加上尊谥号：孝慈贞化哲顺仁徽成天育圣至德高皇后。 朱元璋和马皇后合葬在南京紫金山下的明孝陵。《明史》等史料记载,有40多名妃嫔为朱元璋活活陪葬。 孝慈高皇后马氏和朱元璋合葬于明孝陵，明孝陵坐落于江苏省南京市钟山南麓玩珠峰下。1381年(洪武十四年)，朱元璋命中军都督府佥事李新主持陵墓的营建工程，第二年八月，马皇后去世，九月葬入此陵墓，定名为“孝陵”。孝陵之名，取意于谥中的孝字，有“以孝治天下”之意，一说是马皇后谥“孝慈”，故名。
明孝陵位于南京紫金山南麓，是明太祖朱元璋与其皇后马氏的合葬墓，因马皇后的谥号而得名。孝陵的建制沿袭了唐宋时期依山为陵的风格，朱元璋登基十三年后，孝陵开始修建，永乐三年完工，前后历时二十五年。
孝陵修建的第二年，马皇后病逝，同年九月葬入孝陵。1398年，明太祖朱元璋驾崩，七天后，建文帝遵遗诏将朱元璋与马皇后合葬于孝陵。据记载，朱元璋下葬当天分别从十三个城门同时出殡，目的就是用以混淆视听。
历代盗墓者没有盗掘孝陵的机会
朱元璋下葬一月后，建文帝便在孝陵设置了五千多人的孝陵卫和神宫监驻守。孝陵卫是专门护卫“孝陵”的部队，孝陵卫的官兵都是经过精挑细选而来的。这些精兵每五年调整考核一次，实行末尾淘汰家族继承制。
