因为司马迁是首尊黄帝的，这个事情，在《太史公自序》《封禅书》内均有解释，并非司马迁不知三皇，而是对于资料有所取舍。我认为这是属于史家的良知。这是司马迁独立的思考，至少这跟他的史学启蒙老师，也是太史令的父亲司马谈是不同的。是司马迁的自我学术认知并慎重做出的选择。
很多学者做了解释，林伯桐说自古的制度都是黄帝开始制定的，只不过司马迁《五帝本纪》把他作为起始，另有深意而已。
《蓬庐文钞》直接说司马迁“首黄帝”，并非出自本意 。证据也很明显。司马迁是为《史记》做了自序的，《太史公自序》中说：“於是卒述陶唐以来，至于麟止，自黄帝始。维昔黄帝，法天则地，四圣遵序，各成法度；唐尧逊位，虞舜不台；厥美帝功，万世载之。作五帝本纪第一。”
《封禅书》所说，大抵如此。
也就是说，司马迁要强调的时代是“尧以来”、“陶唐以来”。直接说明删《书》，断自唐虞。可见，以“黄帝”为首 并非出自本意。
这是司马迁的本意，也就是司马迁并非想从黄帝开始。但是，现实让他做出选择。现实的原因大概如下：
1.汉自汉高祖刘邦起，就在沛庭为黄帝建祠。
那实际上司马迁在很多地方，比如《外戚世家》中，反复说汉当时掌权的窦太后好黄老。黄老，即是黄帝、老子思想。汉代的黄帝，孝景帝、武帝，都通读黄老之书，汉武帝甚至曾经感叹：“吾诚得如黄帝，吾视去妻子如脱缢耳。”因为皇帝曾经有羽化成仙的传说，所谓羽化成仙，实际上是养生大成的说法，最终化如羽毛，飘飘升仙。汉武帝希望长生，有此感叹。
这说明，汉武帝其实是知道黄帝的，至少黄老思想他很崇拜。
2.汉武帝的做法对司马迁有很大的影响。
司马迁在《封禅书》中记载了汉武帝巡狩天下、改历等事件，所有事情的根因，都托言于黄帝，当时公孙 子为汉武帝穷兵黩武做遮掩 ，说“黄帝且战且学仙”，也就是抓住现实，打仗抓取利益跟学仙求道不冲突，因为黄帝就是这么做的。
而，司马迁的父亲司马谈最惋惜的事情是没有跟随汉武帝封禅泰山。
司马迁开始作史，写《五帝本纪》时，恰好是太初元年，当时明堂改建，诸神都得祭祀，而汉武帝所用的计算方法是黄帝迎日推荚法。如果司马迁不首黄帝，是失了臣子将顺之道的。
综上可知，司马迁的《五帝本纪》实际上是司马迁的谏书，对照一下《封禅书》便知道了。
这是司马迁审时度势后的选择，想来太史公当时是很矛盾的了。
另外，对于自己心中如何想，为何要做《五帝本纪》为首，司马迁其实做了很多解释：
1.《五帝本纪赞》中有解释，说的很明白：
“学者多称五帝，尚矣。然《尚书》独载尧以来，而百家言黄帝，其文不雅驯，荐绅先生难言之。孔子所传《宰予问五帝德》及《帝系姓》，儒者或不传……予观《春秋》《国语》，其发明《五帝德》《帝系姓》章矣……其轶乃时时见於他说。非好学深思，心知其意，固难为浅见寡闻道也。余并论次，择其言尤雅者，故著为本纪书首。”
意思很简单，解释一下就是，很多学者比较推崇五帝，但比较可信的《尚书》却只写“尧以来”，诸子百家 说黄帝，但动不动讨论鬼神，不甚可信，他只好从《春秋》《国语》里做一些选择，排列顺序，选择说法比较靠谱的，作《五帝本纪》为《史记》之首。
这是从史料是否可靠这一点来说的。
2.《封禅书》再做解释：
“其语不经见，缙绅者不道。”
意思是经典之作中不见这种记载，有身份的人也不说这些事。
3.《大宛列传》作解释。《大宛列传》中，直接说明司马迁选材料的标准，凡是比较实际的，与《尚书》相近的选择，像《禹本纪》、《山海经》里的那些怪物怪事，是不敢说的。
这三点，都说明司马迁自己的标准。也就是选材料的标准。这是司马迁为后世史家立了一个准则。
司马迁把自己的选史料的准则，做选择的理由，在他的文字里，多有遗留 。司马迁如此选择，如此做准则，是有深意的。也比较符合中国客观哲学思想。
在中国的诸子百家哲学思想中，无论是儒家、道家、墨家等等，都跟司马迁这个准则高度统一。司马迁真是博览群书、用心良苦啊。
比如：
《论语·述而》：“子不语怪、力、乱、神。”孔子是不谈鬼怪的。
《庄子·齐物论》：“六合之外，圣人存而不论。”不是人间的事情，庄子推崇的圣人是当它存在，但绝不会说的，这叫存而不论。
屈原的《天问》，凡涉及到古来“传道”（传说），就是司马迁所说的“不敢言”的“轶事”。
总之，司马迁的文字恰像李贽所说的“至文出于童心”，保持着好奇认真，但绝不汰虚课实。
司马迁也绝不轻信。我们举个例子就知道了，好奇是好奇，但是绝不轻信。司马迁的单子非常大，但他追求事实，甚至在很多文字中都说，以前的记载不可尽信，传闻是必须 裁择的，似史而非“轶事”的俗说应当排除在史记之外。“野人”津津乐道的话，而“缙绅不轻言”，就必须做出谨慎选择。
他在《封禅书》中写了申公说：“黄帝且战且学仙，……百余岁然后得遇神通，……有龙 垂胡髯，下迎黄帝，黄帝上 骑”，但这是别人说的，巴结汉武帝的人说黄帝一边打仗一边修仙，后来有龙来迎黄帝，黄帝骑龙而去。
司马迁只是记载有这种人，自己绝不说这种话，司马迁作《五帝本纪》，很谨慎地说了一句：“黄帝崩，葬桥山。”黄帝死了之后，葬于桥山。司马迁不说怪力乱神不可信的事情。
司马迁还对这种巴结的人做了很深的讽刺，《封禅书》中说汉武帝去祭奠黄帝的冢，突然醒悟，问，不是说黄帝不死吗，怎么现在还有坟墓 ？那些拍马屁的人只好说，黄帝已经升仙上天，臣子们把皇帝的衣冠葬在了这里。
《战国策》中写豫让刺杀赵襄子事件，说豫让 用剑砍赵襄子的衣服三次，衣服出血，而赵襄子回去之后，立即死了。
司马迁《刺客列传》中写豫让刺杀赵襄子事件，绝对不会说衣服出血这种怪话，唯恐自己涉及怪妄，直接写赵襄子把衣服给豫让，豫让拔剑三跃而击之，就完了。
司马迁就是这么谨慎。从资料上来说，黄帝的资料太像神话，只能做如此选择。
综合以上一切原因，司马迁从现实、自己的史观、材料取舍等三个方面做出了很良心的选择。很多问题都处理的很漂亮，以《五帝本纪》为首，黄帝的内容摈弃了。
