郑成功患何种病症而死,缺乏真正病程的记载与医疗纪录,唯一能确定的是:发病的时间约在1662年6月16日(永历十六年5月1日),死亡的日期则是6月23日(永历十六年5月8日),年仅39岁。郑成功逝世,距离1662年2月9日荷兰大员长官揆一正式退出台湾不到半年。
道明会神父李科罗1676年的著作记载:“国姓爷罹患了严重的日射病,因为极度愤怒与痛苦,而啮咬手指、撕抓脸面,五天后便将灵魂交给了魔鬼。他直到临死之前仍然犯下许多骇人的行为,对于服侍他的人拳打脚踢,不断下令将人处死,最后脸上带着狰狞的表情死去。”
邵廷采的《东南纪事》:“壬申五月,成功死于台湾。成功感风寒,月朔受谒,尚坐胡床,诸将不知其病。数日,卒,年三十九。”
1713年出版的江日昇章回体小说《台湾外纪》记载:五月朔日,成功偶感风寒。但日强起登将台,持千里镜,望澎湖有舟来否。初八日,又登台观望。回书室冠带,请太祖祖训出。礼毕,坐胡床,命左右进酒。折阅一帙,辄饮一杯。至第三帙,叹曰:“吾有何面目见先帝于地下也!”以两手抓其面而逝。
根据康熙时代作家夏琳所著之《闽海纪要》:“五月朔,成功感冒风寒;文武官入谒,尚坐胡床谈论,人莫知其病。及疾革,都督洪秉诚调药以进,成功投之于地;叹曰:‘自国家飘零以来,枕戈泣血十有七年,进退无据,罪案日增;今又屏迹遐荒,遽捐人世:忠孝两亏,死不瞑目!天乎天乎!何使孤臣至于此极也’!顿足抚膺,大呼而殂。”
沈云于1836年所撰写的《台湾郑氏始末》:“五月癸酉朔,成功病,强掖黄安登将台,望彭湖,有船东至否?安曰:‘无之。梧、琅奸计,北既赤族,又将灭是。中冓事隐,安见显悦非为梧卖者?愿王勿疑,疑则左右皆义、禄、霸等。父子至亲且若是,他更何以自处’?成功益忿怒,狂走。越八日庚辰初八日,啮指而卒,年三十有九。”
郑成功死后原葬台南近郊洲仔尾(今属永康区);郑克塽降清迁居北京后,上疏表示“念台湾远隔溟海,祭扫维艰”,请迁内地。康熙皇帝对此下诏:“朱成功系明室之遗臣,非朕之乱臣贼子。敕遣官,护送成功及子经两柩,归葬南安,置守冢,建祠祀之。”并提赠挽联:“四镇多贰心两岛屯师敢向东南争半壁;诸王无寸土一隅抗志方知海外有孤忠”。1699年(康熙三十八年)农历五月二十二日,郑成功、郑经父子迁葬福建省南安县康店乡覆船山,附葬于七世祖郑乐斋坟墓内。也有说法称,为免台湾人起抗清之心,郑氏诸祖在台诸坟悉遭朝廷下令迁葬大陆。
传说郑克塽为了使郑成功安眠地下,不再受干扰,护送郑成功灵柩从北京到固始郑家飨堂安葬。1970年固始汪棚乡大规模平坟还田时曾发现规模较大的“郑成功墓”,引起轰动,另一方面,为了遮人耳目,又派其弟郑克举到福建南安刻了一块《郑氏附葬祖父墓志》,声称郑成功附葬在“郑氏乐斋公茔”祖坟里。但此说并无具体证据支持。