史载，太平天国建都天京（今南京）后，洪秀全被暂时的胜利冲昏了头脑，俨然以皇帝自居，言必称朕，下达文件称诏、谕旨。他和他极力反对的封建帝王已经毫无本质区别了。
在极尽奢华的天王府内，洪秀全过着养尊处优的生活，被众多的王娘（嫔妃）、宫女所包围，沉溺于酒色中，深居简出，再也无心过问天国军政大事了。据记载，太平天国在天京的十余年间，洪秀全基本再也没有踏出天王府一步。
每次临朝训政，只有东王杨秀清、北王韦昌辉、翼王石达开可以进见天王，其余各王、文武官员都只能排列在宫门外，等候传唤。
权力欲望极强的东王杨秀清正是利用洪秀全这一弱点，逐步独揽了太平天国军政大权的。
《太平天国史纲》记载，太平军克武昌后，女将苏三娘主张兵进河南、问鼎中原、直捣北京的主张，洪秀全赞成这一战略方针，杨秀清则力主沿长江东下，攻占江宁（南京）后，再北伐中原，徐图天下的用兵方略。杨秀清颇有军事才能，屡建战功，根本不把洪秀全看在眼里，很快就以天父下凡的鬼把戏，否定了洪天王的战略主张。
定都天京后，杨秀清居功自傲，把金田起义以后所取得的一系列重大胜利全部记在了他自己的功劳簿上。
经策划，一批为杨秀清歌功颂德的书籍开始编纂、印发。《行军记》由杨秀清担任主编，是一部叙述太平天国自金田起义到定鼎天京的历史教科书。其中有大量的篇幅颂扬东王杨秀清个人的功德，夸大了他的功绩，将其描绘成一位旷古绝今的“圣人”。在这本书中，天王以及北、翼诸王都成了配角，显得黯然失色。
杨秀清手持《行军记》，到处宣扬说，自己就是上天的代表，他说发布的命令就是奉天行事，必须无条件服从以及遵守，否则严惩不贷。满朝文武畏惧他的权势，尤其是害怕他代天父传言的神异，只好服服帖帖，惟命是从。
太平天国的大权就这样被杨秀清牢牢控制了。据《太平天国史纲》记载，定都天京后，天国的一切军事号令皆由东王一人发出，官员的升迁任免、奖惩激励等所有重要事项也均由东王决定，天王最后只能走走形式，在东王事先早已草拟好的文告、诏谕、法令、政策上盖下大印、签上“旨准”二字而已。至此，天王洪秀全实际上已被东王杨秀清架空，成了摆设。朝中文武百官但凡有要事须面奏天王的，首先必须禀报东王，再由东王代为转奏。凡是没有盖上东王大印的奏章，天王一律不予准奏、批阅。由于所有奏章必须先送到东王府审核、盖章，东王府也就成了太平天国实际上总理国务的最高权力机关，和清廷一样，东王府内设吏、户、礼、兵、刑、工六部，每部各有尚书十二人。六部权力极大，甚至凌驾于北王、翼王之上。
杨秀清利用洪秀全的弱点，从天王洪秀全手中攫取了天国最高权力后，仍不满足，为巩固权力，他还要无所不用其极的侮辱、打击天王，损害其权威，将其置于孤立的境地。
据记载，1853年12月24日，杨秀清以“洪天王虐待宫内女官”为由，假托天父下凡，依附其体，口气严厉的责问天王可知犯错。面对“天父”诘问，洪秀全也顾不得天王威仪了，他立刻下跪请求饶恕。杨秀清不依不饶，怒冲冲大声嘶吼着，一定要给天王杖责四十大板的严厉处分。
当时在场的北王韦昌辉以及其他官员见天王即将受刑，慌忙跪倒，为天王求情。杨秀清却不答应，下令继续杖责，直到天王伏地表示愿意受刑才肯罢休。
杨秀清这样做，当然不是出于爱护女官方面的考虑，他在借题发挥，故意让天王当众出丑，损其形象，降其威信，借机增加自己的尊严。
对天国的领袖都敢如此放肆的杨秀清，对诸王、大臣就更不会放在眼里，更肆无忌惮的滥施淫威了。
据“史纲”记载，燕王秦日纲府里有一位养马人，因为在道上遇见东王杨秀清的“老同叔”没有 起身行礼，被狠狠抽了两百皮鞭。养马人被打的奄奄一息，僵卧在床上，以为这事就这样过去了。不曾想，杨秀清那位“老同叔”仍觉不解恨。他仗势要求掌管刑法的夏官正丞相、卫国公黄玉崑给养马人加刑，黄玉崑是翼王石达开的岳丈，所以又称“翼贵丈”，为人公正。他依据天国律法，认为既已严加责罚，何必再加刑，好心劝慰，并予以婉拒。同庚叔不服，向东王诉苦、告状。东王不分青红皂白，勃然大怒，令燕王秦日纲立即抓捕黄玉崑。
消息传出，燕王府上下无不气愤异常。黄玉崑首先递上辞呈，燕王秦日纲、天官正丞相陈承镕得知后，也先后提出辞职。
杨秀清见到辞职书后震怒异常，认为这实属“大逆不道”之举，立刻下令杖责黄玉崑三百大板，秦日纲一百板，陈承镕二百板，那位被鞭笞得只剩半条命的养马人则被五马分尸，惨死在东王的淫威下。
有位叫李凤先的两司马（基层小官），经过东王府时，没有来得及给兵部尚书侯谦方让路，立刻被拘捕进王府审讯。李凤先很感委屈，发了几句牢骚。话传到东王耳里，李凤先第二天就被处决了。
杨秀清凶戾残暴，草菅人命，已经和满清皇帝毫无二致。他从滥施淫威中得到了大权在握的快感，从中获得了极大的满足，却不知此举实乃自掘坟墓。
杨秀清野心勃勃，他这样做还有一个难以言说的目的：取代天王洪秀全，将天国打造成杨家天下。
为爬上朝思暮想的天王宝座，杨利令智昏，居然不择手段，在太平天国第一次开科取士的考试上，竟胆大妄为地以“四海之内有东王”为试题，公然藐视天王的存在。
1856年6月，是太平天国最鼎盛的时期。在杨秀清的策划、指挥下，太平军在江西战场上势如卷席，很快将该省25个州、府全部占据。清军设在天京外围的江南、江北大营被摧毁，基本解除了清军对天京的威胁。一连串的胜利，让杨秀清更加骄横，他终于撕去伪装，开始自导自演了一出“恃功逼封”的活剧。
7月，杨秀清迫不及待地假托“天父”下凡，将天王召到东王府，逼迫他封自己为“万岁”。众所周知，天国只有一个“万岁”，他就是天王洪秀全，东王以下诸王只能称“千岁”，如今他 欲做“万岁”，这是对洪天王最高领袖地位的否定，也可视为公然挑衅。
杨秀清一门心思要做“万岁”，他做梦也没想到，潜藏已久的矛盾立刻被激活，并如火山迸发般难以阻挡，终于酿成了令天国由盛转衰的“天京事变”。
北王韦昌辉常受东王欺压，经常被东王借故训斥，故意被当众给予难堪，尽管韦委曲求全，极力逢迎，也无济于事。当年韦昌辉派承宣张子朋率军进攻湖南，在湘潭因封船激起水师哗变，杨秀清迁怒韦昌辉，竟亲自带人到北王府狠狠杖责了韦昌辉数百大板，韦被打得皮开肉绽，好久无法下床行走。
韦昌辉腹有文墨，为人机敏狡黠，他早就窥出洪秀全与杨秀清之间的敌对情绪，故一有机会就在洪面前哭诉自己心中委屈，以发泄对杨秀清的不满。韦昌辉的苦衷在洪秀全内心深处产生了强烈共鸣，他更加信任韦，并决定与其合谋、联手，不惜一切代价也要除掉骄横跋扈、忤逆僭越的杨秀清。
1856年9月1日是太平天国史上最黑暗的一天。这天深夜，在江西瑞州前线指挥作战的韦昌辉揣着天王密诏 ，率三千余亲信将士火速赶回南京，有人接应他们从南门鱼贯入城，神不知鬼不觉地将东王府围得密不透风。转瞬间，火把齐明，杀声震天，韦昌辉带头冲进东府，闯入内室将猝不及防的杨秀清及其妻妾老小诛戮一空。东王府内的官员、卫队和眷属皆死于乱刀下，这场血腥的大屠杀一直持续到第二天清晨。
9月2日，杀气腾腾的韦昌辉将东王杨秀清血淋淋的首级装在匣子内呈交天王。
这场突如其来的惊天惨剧让天京军民惊呆了。昔日庄严肃穆的东王府，今日却尸骸狼藉，血流漂杵。大敌当前，却自相残杀，这究竟是为什么？！杨秀清麾下的东府将士更是义愤填膺，纷纷涌向天王宫，强烈要求天王惩办凶手。
洪秀全没有料到事态发展到如此地步，早就六神无主，他当然不能说是自己亲手策划的，又见东府将士群情激奋，深知众怒难犯，慌忙下令对祸首韦昌辉施以鞭刑，以平息众怒。狡诈凶残的韦昌辉接到受罚令后，一声未吭，心里却定下将计就计之策，并设下圈套，意图将东王部下一网打尽。
9月4日，是韦昌辉接受鞭笞的日子。东府五千余将士接天王令前去观刑。北府官员诱骗他们解除武装，分别徒手进入两所宽大的房间。突然，早就埋伏好的刀斧手冲杀出来，大砍大杀。两间房里手无寸铁的东府将士很快就被斩杀殆尽。五千多身经百战的将士，成了任人宰割的羔羊，顷刻间血肉横飞，魂归天国。天京城内的东王部众基本被剿杀一空，韦昌辉还不罢休，他大肆搜捕漏网之鱼，共两万多太平军老战士惨遭屠杀，天京城顿成人间地狱。
9月，翼王石达开从湖北前线赶回天京。他本与杨秀清有隙，但痛心于韦昌辉滥杀无辜，使天国蒙受了难以挽回的巨大损失，遂对韦严厉斥责。凶狠暴虐的韦昌辉不容分说，干脆一不做二不休，下令捕杀石达开。石达开闻讯乘夜缒城逃出，幸免罹难。石达开前后在天京仅逗留了数小时。而他留在城内的全家老幼均被韦搜杀一空。
11月初，石达开率四万精兵，从安庆渡江抵达泾县，经此东下直扑天京。石达开声言讨伐韦昌辉，报仇雪恨。彼时，韦昌辉的暴行早已引发广大太平军将士的愤懑，即便在天京城内，愿意服从北王调遣的也是极少数。为避免第二次大规模的内部火并，洪秀全下诏诛灭韦昌辉。天京军民群起响应，经两日激战，二百多北王心腹死党均被击毙，韦昌辉本人被生擒， 遭凌迟处死。随同他一起倡乱的燕王秦日纲，天官正丞相陈承镕也被处以斩刑。
持续两个多月的天京之变虽然最终平息了下来，但它给太平天国造成的创伤却再也无法弥补 。在达到高峰后，太平天国因内讧而无可挽回的走向了衰落。
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