满洲八旗的旗主都由爱新觉罗氏掌握。具体来说，就是由努尔哈赤和其弟舒尔哈齐的后裔来掌控。有些人特意强调，八旗分为满蒙汉，总计二十四旗。但蒙八旗和汉八旗是没有独立旗主的，蒙汉八旗也归满旗旗主进行统领。
至于八旗旗主具体是怎么更迭的，这就很复杂了，需要详细的介绍。
两旗时代
最早的八旗制度，没有后来那么复杂，只有旗主和佐领两级。并且也没有八个旗，只有一个旗。
努尔哈赤起兵后，先建立了一旗部队，旗色不清楚，有可能是黑色旗。
后来他消灭了邻近的一大批部落，组成一支新旗，旗色也不太清楚，可能是红色旗。
于是，努尔哈赤就将自己原有的黑旗交给了亲弟弟舒尔哈齐，然后他自己统帅新建红旗。后来改红旗为黄旗。
于是，最早的八旗雏形就出现了。一共只有两个旗，两个旗主，即清太祖努尔哈赤和他的同母弟舒尔哈齐。两人在当时被时人并称为“二酋”。
根据《满文老档》的记载，努尔哈赤和舒尔哈齐各自统领的属人、阿哈是一样多的。这两个旗的旗色没有准确的记载，但是按照推断，努尔哈赤的旗色应该是黄旗。而舒尔哈齐的旗色应该是黑色，后改为蓝色。（据说是由于黑旗在夜间不便区分，于是就改作了蓝旗。具体什么时期由黑旗变改为蓝旗，有待考证）
三旗时代
万历二十九年（公元1601年），努尔哈赤征服了海西女真四部之一的哈达部。他把哈达部的人丁编为一个旗，让自己的长子褚英和哈达部的首领吴尔古代（哈达纳拉氏）共同管理。这个哈达部的旗，旗色为白色。这便是正白旗的由来。
不久后，褚英废除吴尔古代的首领地位，他自己独自成为旗主。同时，舒尔哈齐的正蓝旗得到了进一步扩充，这些蓝旗新归附的人丁，被封给了太祖的次子代善。所以这一时期，代善是正蓝旗里的“小旗主”。
这个时期的三旗旗主分别是：
正黄旗——努尔哈赤；
正蓝旗——舒尔哈齐，代善（小旗主）；
正白旗——褚英；
四旗时代
万历三十七年（公元1609年），正蓝旗旗主舒尔哈齐被努尔哈赤幽禁。正蓝旗的格局就因此发生了变化。
注意了，下面的内容很重要。
在正蓝旗中，原属于舒尔哈齐的佐领，一多半被舒尔哈齐的次子阿敏继承。
剩下的原属舒尔哈齐，但没有划归给阿敏的佐领，则划归到了代善的名下。
代善之前在正蓝旗中的原班人马，加上新划给他的人马，一起脱离出正蓝旗，独立为一个新旗，旗色为红旗。后来屹立二十多年不倒的正红旗也就是这么来的。
正红旗成立后，也就有了四旗。这个时候的四旗旗主分别是：
正黄旗——努尔哈赤；
正蓝旗——阿敏；
正白旗——褚英；
正红旗——代善；
万历四十二年（公元1611年），努尔哈赤将自己的长子、正白旗的旗主褚英幽禁，所以正白旗也发生了变化。
正白旗大部分佐领被封给了皇太极。而剩下的一部分佐领，被褚英的长子杜度继承。于是皇太极就成了正白旗的旗主，而杜度则是正白旗的“小旗主”。
这个时候的四旗旗主分别是：
正黄旗——努尔哈赤；
正蓝旗——阿敏；
正红旗——代善；
正白旗——皇太极，杜度（小旗主）；
八旗时代
万历四十三年（公元1615年），努尔哈赤下令将四旗扩充为八旗。他自己的黄旗分为正黄、镶黄两旗，均由他亲自统领。
代善的红旗，也分成正红、镶红两旗，由代善和代善的儿子们统领（代善的儿子岳托和硕托均是镶红旗的小旗主）。
原蓝旗的旗主阿敏，成为镶蓝旗旗主，属人没有变化。
正蓝旗的旗主则由努尔哈赤的第五子莽古尔泰担任。另外，莽古尔泰的亲弟弟德格类担任小旗主。
正白旗旗主不变，仍由皇太极担任。
镶白旗旗主由原正白旗小旗主杜度担任，同时努尔哈赤把自己的第七子阿巴泰也塞进了镶白旗，与杜度共同组成了镶白旗（阿巴泰是小旗主）。
这里额外插一句，当时的八旗的旗子，应该是没有图案的，也就是一面只有颜色的旗帜。四镶旗是在旗子中间加一条龙。我们今天看到的这种八旗旗子的样式，是公元1622年之后才确定的样式。
这个时期的八旗旗主分别是：
两黄旗——努尔哈赤；
两红旗——代善，岳托、硕托（小旗主）；
正白旗——皇太极；
镶白旗——杜度，阿巴泰（小旗主）；
正蓝旗——莽古尔泰，德格类（小旗主）；
镶蓝旗——阿敏；
努尔哈赤晚期的八旗变动
后金天命八年（公元1623年），努尔哈赤按照女真人“嫡长子继承皇位，嫡幼子继承财产”的传统。将自己的三个嫡幼子：18岁的阿济格、11岁的多尔衮、9岁的多铎，纳入自己亲自统领的两黄旗，并将两黄旗拆分，分别封给他们，使他们成为小旗主。
当时努尔哈赤的两黄旗一共有60个佐领，他把正黄旗的15个佐领封给阿济格，另外15个佐领封给多尔衮。再从镶黄旗分出15个佐领封给幼子多铎，剩下的15个镶黄旗佐领由他亲自统领。
然后努尔哈赤立下遗嘱，等他去世后，他自己统领的15个镶黄旗佐领，也交给多铎继承。相当于就是说，阿济格为正黄旗旗主，多铎为镶黄旗旗主；多尔衮没有位置，于是努尔哈赤把镶白旗旗主杜度调到镶红旗，好让多尔衮继承镶白旗。
结果这次调动还没有完成，努尔哈赤就突然死了。皇太极瞅准机会，迅速让儿子豪格抢占了没有旗主的镶白旗。这一下，皇太极父子就抢到了两白旗。
这里额外插一句，这次分封后，由于正黄旗分给了阿济格和多尔衮，镶黄旗成了努尔哈赤唯一亲领的旗。因此镶黄旗就变成了八旗的头旗。很多人经常问，八旗之首是哪个旗？看到这里应该就知道了——是镶黄旗。
皇太极时期的八旗变动
努尔哈赤死后，皇太极继位。这位新任大汗是个狠角色，为了打压不服他的人，皇太极对八旗进行了三次大的调整。
第一次调整——两黄旗和两白旗互换。
这次调旗很简单，就是皇太极的正白旗、豪格的镶白旗和阿济格、多尔衮、多铎的两黄旗对调。因为皇太极是后金大汗，他认为黄旗只有大汗才配使用。所以，继承了汗位的皇太极就逼着多尔衮三兄弟与自己对调了旗色，以彰显自己的“正统性”。
需要说明的是，这次调整只换旗色，也就是两白旗换两黄旗，服装颜色对调；两黄旗换两白旗，服装颜色对调。而旗主之下的附属人员没有进行变动。
第二次调整——镶蓝旗旗主换人。
永平之战后，阿敏（舒尔哈齐的次子）逃回关外，皇太极借此机会整肃阿敏。他召集众大臣及贝勒，给阿敏定了议十六项大罪。最后处理结果是：削去阿敏的旗主之位，并将其圈禁在家。其所属镶蓝旗则赏给跟皇太极穿一条裤子的堂弟济尔哈朗。
由于济尔哈朗也是舒尔哈齐的儿子，这次换旗主，镶蓝旗没什么异动。
第三次调整——两黄旗和正蓝旗的混编。
后金天聪六年（公元1632年），正蓝旗的旗主莽古尔泰病逝，正蓝旗的旗主由原先正蓝旗小旗主莽德格类继承，而莽古尔泰的佐领也由莽古尔泰的儿子继承（小旗主）。
后金天聪九年（公元1635年），正蓝旗的旗主德格类病死，同年有人告发莽古尔泰、德格类一门谋反。皇太极趁此机会将莽古尔泰和德格类一门剥夺旗权，顺便将正蓝旗没收为己。于是正蓝旗就被皇太极给吞并了。
吞并正蓝旗后，皇太极将原正蓝旗的八个佐领封给儿子豪格，又拿出三个封给镶黄旗小旗主阿巴泰，加强了原镶黄旗的实力。同时也削弱了正蓝旗的凝聚力。
没过多久，皇太极将正黄旗的一半与正蓝旗的一半进行捏合，组成新的正黄旗。将正黄旗和正蓝旗剩下的一半捏合，组成新的镶黄旗，都由皇太极亲自统领。
镶黄旗归皇太极后，原镶黄旗旗主豪格带着自己的佐领改为正蓝旗，成为正蓝旗的旗主。原镶黄旗的小旗主阿巴泰，也同样成为了新正蓝旗的小旗主。
这次调整之后，八旗旗主如下：
两黄旗——皇太极；
正蓝旗——豪格，阿巴泰（小旗主）；
镶蓝旗——济尔哈朗；
以上四旗是皇太极的嫡系人马
正红旗——代善；
镶红旗——岳托，硕托（小旗主）；
两红旗在代善的统领下，保持中立。
正白旗——多铎；
镶白旗——阿济格，多尔衮；
两白旗与皇太极暗中较劲
多尔衮时期的八旗变动
皇太极死后，多尔衮掌权。他和皇太极是一丘之貉，掌权之后也是大肆吞并其它旗。具体的调整有两次。
第一次调整——两白旗混编。
大清崇德八年（公元1643年）八月，皇太极突然去世。他去世之后两个月。多尔衮仗着自己有权有势，趁机没收了亲弟弟多铎在正白旗的15个佐领。
多尔衮手上本身就有15个佐领，没收多铎的15个佐领后，多尔衮就具有了30个佐领，即一个整旗的实力。
之后多尔衮的将自己所领镶白旗的与多铎的正白旗进行对调，自己成为正白旗旗主，而原属正白旗的多铎，则换色为镶白。
本身就在原镶白旗的阿济格并没有参与此次换旗。多铎换到镶白旗后，他是旗主，阿济格变成了镶白旗的小旗主。
第二次调整——两白旗与正蓝旗混编。
争储事件后，多尔衮和豪格结了梁子。为了搞死豪格，多尔衮下了大力气。大清顺治五年二月（公元1648年），多尔衮将豪格打下大狱，没收了他的正蓝旗。（还抢了豪格的小老婆）
豪格的正蓝旗被没收后，多尔衮没有上交给顺治皇帝，而是被他以“俟归政，然后隶于上”的名义私吞了。
顺治六年（公元1649年），镶白旗旗主多铎病逝。多尔衮便将两白旗和正蓝旗一起混编。原本属于豪格的正蓝旗佐领和原本属于多铎、阿济格的镶白旗佐领对调。
对调之后，新的镶白旗没有旗主，多尔衮当仁不让的自领镶白旗旗主，加上正白旗，他就成为了两白旗的旗主。
而新的正蓝旗则由原镶白旗的阿济格、多铎的次子多尼、阿巴泰第三子博洛、阿巴泰第四子岳东四人共同管理。这四个人中，多尼名下的佐领数量最多，所以他是旗主，另外三人是小旗主。
另外，正红旗旗主代善于同年病死。他的儿子镶红旗旗主硕托在三年前被处死（岳托死后硕托继任）。因此两红旗的旗主也都换了人。正红旗旗主为满达海（代善儿子）、镶红旗旗主为罗科铎（岳托孙子）。
这一系列震动之后，八旗旗主如下：
两黄旗——顺治帝；
两白旗——多尔衮；
正红旗——满达海，勒克德浑（小旗主）；
镶红旗——罗科铎，尼堪、硕塞（小旗主）；
正蓝旗——多尼，阿济格等人（小旗主）；
镶蓝旗——济尔哈朗；
八旗旗主的最终确定
经过努尔哈赤、皇太极、多尔衮历经二十几年的调整，此时的八旗已经面目全非，跟最早的时候，完全不是一回事了。
比如正白旗旗主原本是褚英，结果褚英被努尔哈赤弄死，正白旗的人马交给了皇太极和褚英的儿子杜度继承。到了八旗建立时，杜度调任镶白旗，褚英当年的人马就变成了镶白旗。后来努尔哈赤为了给多尔衮挪位，把杜度挪到了镶红旗，褚英一系的人马又调到了镶红旗。这变来变去的，八旗早已经不是当年的八旗了。
多尔衮死后，顺治皇帝秋后算账，又对八旗做了一次大的调动。
第一步，他先是把多尔衮的两白旗没收。正白旗整旗被顺治皇帝收走，同顺治亲自掌控的两黄旗一起变成了所谓的“上三旗”。
第二步，将镶白旗，也就是原属于正蓝旗豪格的佐领，交给了给了自己的侄子，豪格的儿子富绶。
第三步，顺治因怒迁恨，对多尔衮的亲哥哥阿济格下了死手。把他夺爵治罪，他所属的佐领分别拨入了正白、镶白、正蓝三旗。
自此也就有了上三旗和下五旗的说法。其中上三旗由皇帝直接统领，下五旗由豪格、济尔哈朗、代善、阿巴泰、多铎、褚英等人的后裔统领。
具体来说，如下：
正黄旗、镶黄旗、正白旗——皇帝统领；
镶白旗——豪格后裔统领。豪格是努尔哈赤之孙，皇太极长子；
正红旗——代善后裔统领。代善是努尔哈赤的次子；
镶红旗——岳托、硕塞、褚英后裔统领。其中岳托是代善的儿子，努尔哈赤之孙；硕塞是皇太极的儿子，努尔哈赤之孙；褚英是努尔哈赤的长子，代善和皇太极的大哥。
正蓝旗——阿巴泰、多铎后裔统领。阿巴泰是努尔哈赤的第七子，皇太极的哥哥；多铎是努尔哈赤的嫡幼子，皇太极的弟弟。
镶蓝旗——济尔哈朗后裔统领。济尔哈朗是舒尔哈齐的第六子，努尔哈赤的侄子，皇太极的堂弟。
康熙继位后，为了进一步的削弱诸王对下五旗的掌控。他大力推行了皇太极时期开创的都统制度，让都统取代旗主。因为都统是朝廷委派的流动官员，没有世袭权利。于是原本属于各旗旗主的旗权，在康熙时期就基本让都统给夺去了。（都统可以让非宗室的人担任，属于从一品）
然后，康熙又将皇子分封到下五旗，去下五旗做小旗主，继续分化下五旗。比如雍正就当过镶白旗的小旗主。雍正继位之后，他儿子洪昼还当过正蓝旗的大旗主。此政策一直延续到了道光皇帝时期，才算是把八旗完全控制在了皇帝的手中。
总结：清初时期，旗主对本旗的影响力是非常大的。为了巩固皇权，从皇太极开始，清代皇帝就开始分化旗主们的旗权。在乾隆皇帝的中晚期，旗主已经名存实亡。到了道光时期，已经没有所谓的旗主了。
至于什么人才能担任旗主，一句话可以对这个问题进行总结——只有努尔哈赤和舒尔哈齐的后裔才能担任旗主。这两群人全部都是拥有系黄带子特权的皇室宗亲。
