清朝皇帝兼任蒙古可汗，中亚、新疆古文献一般将清朝皇帝记录为“博格达汗”。
1632年，皇太极率军征讨蒙古，成吉思汗嫡系子孙、蒙古末代可汗林丹战败逃往青海大草滩，两年后患天花病死。林丹汗死后，其子额哲率众向皇太极投降，并交出了当年元顺帝北逃时带走的大元传国玉玺。失去传国玉玺，意味着延续了429年的蒙古帝国彻底灭亡。
1636年，以额哲为首的漠南蒙古十六部四十九位领主齐聚盛京，举行库里台大会，以最正统的方式共尊皇太极为蒙古大汗，并奉上“博格达彻辰汗”的尊号，皇太极成为漠南蒙古共主、首位女真族蒙古可汗。从此以后，清朝历代皇帝都身兼“蒙古大汗”。（漠南蒙古是继承自黄金家族的最正统蒙古地域，而漠北蒙古是下层人士和奴隶部族所在的地方）
漠南蒙古归顺后金后，清朝历代皇帝均对之采取和亲政策，与漠南蒙古结为利益共同体。从此，困扰中原王朝上千年的长城以北边患再未出现。
