秦始皇统一六国，建立万世基业，为了统一文化、统一思想，于是下令，除了与秦国历史、文化相关的书籍，以及相关医药、技术类书籍可以保留，其他六国相关的史学典籍全部焚毁。之后的“坑儒”则是为了抑制社会舆论，不想让那些方士、儒生天天在非议自己的政策，因为秦始皇建立秦国后，依然采用法家学说来治国，所以秦国的法律极为严苛。
而汉朝从高祖刘邦到文景之治都实行的都是道家的黄老之术，其提倡的是无为而治，与民休养生息，到了汉武帝时期，汉朝国力大幅增强，尤其是经过文景之治的资本积累之后，汉武帝更是有了实现自己野心的资本。他想要建立一个强大的中央集权国家，而此时的黄老之术已经不能适应汉武帝时期的政治发展需要。而当时的儒生代表董仲舒向汉武帝提出了“罢黜百家，独尊儒术”，从此儒家思想成为封建两千年历史长河中的主流思想。
表面上，汉朝的“罢黜百家，独尊儒术”比焚书坑儒更加良善仁慈，没有烧书也没有杀人，但却让其他流派的思想学说名存实亡。
“罢黜百家，独尊儒术”时适应了当时社会生产力发展的需要，适应了统治者的需要，所以从本质上来说秦始皇焚书坑儒和董仲舒罢黜百家，独尊儒术，并无区别，都是社会发展和政治统治的需要，只是秦始皇的做法太过极端血腥，汉武帝则是通过一种教育的方式潜移默化地用儒家思想去引导老百姓。
