所谓的奇案，其实当年就真相大白，清廷官方出于对死者的同情和自己的脸面考虑，隐瞒了几个至关重要的事实和细节，比如刺客张汶祥妻子的真正去向和两江总督马新贻曾经被捻军俘获的情况。
在百姓们的口中越传越奇；
慈禧和一干官员们态度之暧昧，也可称之为奇；
行刺者张汶祥事发后不逃跑，束手就擒；
由江宁府初审的时候，他仅仅供述自己是河南人和自己的姓名，对于行刺原因，闪烁其词，这也是一奇。光天化日刺杀朝廷要员，封疆大吏，死罪难逃。明知必死，却不愿意说出原因，这很让人奇怪，张汶祥没有替马新贻隐瞒“罪状”的必要。
事件的发生
同治9年7月，总督马新贻循例到校场（今南京第一中学）视察工作，在校阅军队完毕后，因为校场和总督署相连，并有甬道相通，所以他步行走回两江总督署。
☆并非张汶祥假意告状，而是当场真有一山东人告状，张汶祥假装随同，跟随其后靠近马新贻，卫兵接过状纸转身交给马新贻的时候，张汶祥暴起一刀直插马新贻胸膛，当时马新贻口中吐血，而伤口却没有鲜血涌出，被诊断为中毒迹象。（有确实依据的新资料，我会加注☆，下同）
什么原因造成了民众距离如此之近？
☆请注意，并非马新贻亲民，这涉及一个连刺客张汶祥都难以理解的细节，非常不符合常理的一个细节，多年来从未见过，也从未发生过的细节。
有何奇怪？
☆校场外突然涌来一群人，张汶祥非常奇怪，从来围观者数量没有达到过这种程度，这是其一。其二，反应过度热情，从未见过如此热烈喝彩甚至叫嚷之人，而长达30余米的栅栏缺口就是这群人一边喊着口号一边推翻，然后跑进校场的，因为人数太多，卫兵也从来没有遇到过这种情况，所以不及反应，当时的马新贻看到事已至此，强行驱逐怕生事端，所以临时允许众人进入校场。
造成的结果：
本来刺杀无望的张汶祥得到了机会，不但进入校场，还立刻选择了相对较窄的甬道做为行刺地点，造成马新贻身死。
是否相符：
与官方掌握情况相符，当天确实发生了这一匪夷所思的现象，造成大量群众涌入，并造成惨案。但为何那么多人起哄，一拥而入，不得而知。诸多巧合，太过巧合。
机遇由何而来？
一天，张汶祥跟随马新贻到达紫竹林法国天主教堂（马新贻信教且与法国传教士及大使关系极好），马新贻出来后正在转身与教士告别，正待张汶祥伺机而动之时，被人一把拉了回来，这一耽误，就错失了暗杀的机会。
这个年轻人只有30岁左右，他对张汶祥说，你太鲁莽，相距甚远，护卫众多，没有把握，为何轻举妄动？
后来此人不断和张汶祥见面，但却始终未说出姓名身份，只说如果能刺杀马新贻，无论多少花销都能提供，而且言谈之中，张汶祥发现，这人对马新贻与洋人的关系非常清楚。而此人也要杀马新贻，据张文祥估计，应该是讨厌马新贻崇洋媚外，帮助外国人欺压国人。（这类势力当时很多，被马新贻驱逐一部分跑到了天津，后续爆发了天津教案，且这些人都是有号召力的，煽动几百人甚至上千人不在话下，栅栏事件极有可能与这些人有关。）
年轻人告诉张汶祥，马新贻和洋教士关系非凡，在咸丰年间马新贻只是一名军官，在上海镇压小刀会的战斗中负伤，被法国人办的医院救治，现在天主教江南教区主教-郎怀仁，就是当初那个医院的院长，马新贻加入了天主教，此后马新贻升官进爵，成为地方大员，被天主教格外照顾。
分析：详细到这种程度的资料，刺客张汶祥是编不出来的。
当时的几种猜测
①曾国荃幕后指使，因为他不允许外部势力插足，不过这种怀疑，根本搜集不到证据，但还是无法阻止很多人想象为-此次事件是派系之争。
谁种的果树？谁又在享受果实？
原本这个位置是剿杀太平军功臣曾国藩的，他们费心费力拿下的地盘儿，却被马新贻摘了果子。这让他们感到愤愤不平，而一旦马新贻遇刺，谁是最大的获利者，谁也就是最大的嫌疑人，所以曾国藩，曾国荃都脱不了关系，这是一起政治矛盾引发的刺杀案件。
②能力平平的马新贻，能够做到两江总督的位子，是清廷高层要制衡曾国藩，曾国荃两兄弟的结果。但很显然，二人并不接受，所以发生了命案。
③慈禧暗中操纵一切，造成草草结案。
马新贻的前任就是曾国藩，当初因为天津教案的发生，被调往天津办理相关事宜，一时间焦头烂额，所以后续由马新贻接任两江总督。现在马新贻被刺身亡，两江总督的位置再次空缺了出来，慈禧就派曾国藩赴任，并审理马欣怡一案，同时还命令刑部尚书郑敦谨做为专案钦差一同陪审。
曾国藩以身体不好为由推辞，不想接任两江总督，被两宫太后拒绝，曾国藩没有办法，只说想恭请陛下接见。于是，进京后的曾国藩，被安排了两次接见，他真是的目的当然不是见皇帝，而是想知道太后对此案的态度。
慈禧只说了两句话：
马欣怡这件事儿，怎么这么奇怪？
曾国藩答：这事儿是很奇怪。
慈禧又说：马新贻办事很好。
曾国藩说：他做事和平精细。
然后曾国藩竖起耳朵静听慈禧下文，但是下文却没有了，太后让他跪安。
待到第2次接见的时候，曾国藩实在忍耐不住，直接发问，请给一个详细的指示，此案如何督办？
可是慈禧一字不提，顾左右而言他，让曾国藩回任后好好练兵，并反问曾国藩是何时启程？从头到尾，没有催促抓紧审案的意思，不但如此，还留曾国藩在北京，待到慈禧过了生日以后才启程南下。
为此曾国藩也感到疑惑，并在路途上与他的智囊团反复研究分析，智囊团也非常奇怪，不但奇怪案情，还奇怪慈禧的态度，大清开国200多年，第1次总督遇刺身死，但慈禧竟然这种态度，不知道她是何用意。从表象上来看，好像慈禧并不想把案子查得水落石出。
曾国藩一面给亲信送出指令，安排工作，让其秘密查访案件细节，一面与智囊团不紧不慢的赶路。接手此案后，据官员汇报，此案至今已发生5个月，南京城沸沸扬扬，街头巷尾都传这是，影响不好，最好快速结案，舆论越传越奇，越传越古怪，越传越玄妙。
曾国藩联想到，到底谁杀了马新贻才能让慈禧态度如此暧昧，好像这些涉案人员和原因都联系不到最高层，所以他就想到了另外一个最恨洋教士的顶级任务，醇亲王奕譞，也只有他才能让慈禧做出这种举动，哪怕总督遇刺也丝毫不急，更不催办，顾左右而言他。
奕譞非常痛恨保护洋教的马新贻，极有可能是他安排人刺杀。而他能控制的，极有可能是江宁将军魁玉，再想到那个时期慈禧对洋人的态度，思路好像清晰了一些。
他觉得慈禧才是刺马案的总导演。如果慈禧安排了此次事件，那又怎么查出真相？
慈禧不喜欢洋人在中国的地界扰乱，让她过了不安稳日子，各地的教案令他恼怒，天津教案使他感到了威胁，失掉了面子，而信洋教的马新贻在这个时候不但不能为朝廷解忧，反而一封一封的上疏，桩桩件件都是保护洋教的内容，慈禧焉能不怒，而且在马新贻的保护下南京一带教士们逐渐嚣张起来，与民众对立之下才发生了反洋教事件，天津教案、扬州教案、安庆教案等等，所以慈禧、奕譞安排了张汶祥的刺杀行动。他们当然有机会正大光明的杀一个总督，在他们眼中马新贻职位再高也无非是个奴才而已，但是借口就不大好找了，总不能说他支持洋人，所以把他杀掉，那只会遭到列强们的强烈反弹，尤其是法国，如果不杀则心中郁闷难消，所以要以行刺的方式刺杀张文祥，布政使梅启照可能也是参与人之一。
④马新贻私交回王意图颠覆王廷，张汶祥为国除贼。
据说马新贻是回人头领的后代，一直与西北的回王暗自沟通，在马新贻对付捻军的时候，多次得到回王的帮助，包括军饷和军需品，所以才能屡立战功，投桃报李之下，马欣怡对回王忠心耿耿。
张文祥有一个好友名叫徐义，他俩是同乡，战败后投入清军做了马新贻的护卫，到了同治4年，张文祥知道徐义到了浙江，有投奔之意，那时候的马新贻是浙江巡抚。
徐义热情款待了张文祥，二人喝得大醉，徐义告诉张汶祥一个消息，马欣怡一直私通回王。前几天，甘肃的回王送来密信，说他们已经坐定西北，用不了多久大兵就会东下，让马新贻充当内应，事成之后，东南数省皆由马新贻统理。
两个人在席间大骂马新贻，卖国求荣，张汶祥说若能得手，必杀此贼。而官员们对这一说法不置可否，反倒证言，马新贻已经死了，死无对证。我个人觉得这是最不靠谱的一种说法。
⑤丁日昌之子丁惠衡挟私报复。
丁日昌贪赃枉法，儿子也是纨绔子弟，花钱捐了个道员，一次寻花问柳中争风吃醋打死扬州富商之子，遭富商告发，苦主贿赂当时马新贻3万两银子，要求秉公办案，马新贻将丁日昌叫来商量，最后协商免除丁惠衡道员职务，赔款一万两，丁惠衡其中一个打手发配充军，富商也没办法，知道巡抚的儿子要杀恐怕非常费劲。
回家后丁日昌暴揍儿子一顿，然后禁足不许外出，过了很久方才解禁。
这就造成丢掉官职的丁惠衡，将所有怨恨都转嫁到马新贻身上，所以用重金收买杀手张汶祥刺杀马新贻泄愤。
请注意，这是真事，而且打死的不止一人，丁日昌的儿子丁惠衡，指挥家丁当时打死三人，丁日昌也因为这件事上报过皇太后和皇帝，主动承担责任，说自己教子无方，但求放过自己的儿子。
与张文祥案有没有关系，那就不好说了，也可能是丁惠衡，也可能是扬州富商，怨恨马新贻判案不公，进行杀害也有可能。但是张汶祥本人从未提及此事。
⑥帮助浙江海盗出气。
曾经做过海盗的龙启云和张汶祥关系莫逆，他和他的海盗团伙被马新贻打散消灭，一直为此耿耿于怀，所以和张汶祥商量，共同报仇泄愤，马心怡算是新仇旧恨一起报（老婆的事），但却总是没有机会，最近知道马新贻调任两江总督，且每月25日都会到校场检阅，所以筹谋刺杀终于得手。
⑦马新贻抢了兄弟老婆，张汶祥为友报仇。
马新贻是好色之徒，虽然家中妻妾不少，但还不能满足，看到曹二虎所娶的妻子，相貌美丽，特地派曹二虎外出办事，将其妻子骗入府衙性侵，知道事情的始末，张汶祥便告诉曹二虎。曹二虎不知该如何处理此事，犹豫间，便被马新贻打发到合肥领军火，又给合肥寿州镇总兵发送密信，要求他以私结捻匪的罪名将曹二虎正法，张汶祥知道马新贻是罪魁祸首，便暂时逃离了马新贻的势力范围，最后找到机会为兄弟报仇。
⑧张文祥曾供述，他在宁波做小生意，娶了个老婆罗氏，太平天国期间投李世贤部，起义失败后再回宁波的时候，已经被吴炳燮霸占。张汶祥决定拦轿告状，他所拦的就是当时任浙江巡抚的马新贻，但马欣怡并未受理此案。
审案官员的看法
经过官员们的反馈和曾国藩幕僚团队几次研究，都认为张汶祥背后必定有人支持。张汶祥能愤怒到不考虑自己的生命安危，如果不是深仇大恨，不至于采取这样极端的报复方式。而以上的借口，听着都不像真正的原因。尤其作为杀手，不但能杀还要能逃，无论对方给了多大经济利益，他也要有命花钱才行，怎会束手就擒？张汶祥此人实为死士，必有重大政治目的。
马新贻的隐私对于张汶祥来说，是完全不用顾忌的，没必要说谎，并且在审理刺马案的时候，张文祥曾经说过“养兵千日用在一时”。
至于谁在养兵，张汶祥没说过，口供也问不出来。而曾国藩提审张汶祥时也曾问他，养兵千日，谁在养兵？而张汶祥则只说自己为兄弟报仇泄愤，而且指责张汶祥私通回王，所以他是为国杀贼，绝不后悔。
经过一番推算，曾国藩心里有底。在他看来，只能按张汶祥的口供结案。钦差大臣郑敦谨不但迟到了一个半月，而且别人请他这个钦差拿主意的时候，他却一字不提，说曾国藩20年前就当过刑部侍郎，什么样的案子不明白，诸位的定论便是此案的定论，郑敦谨虽然和曾国藩一起审理过几次张文祥，但也是应付差事，走个过场而已，毫无追根问底的意思，只是要曾国藩快结案。
曾有人提出要用重刑逼供，而钦差大臣郑敦谨不同意用重刑，因为张汶祥是重要犯人，重刑是很容易死人的，到时候谁能担这个责任。
怕重刑之下，马欣怡支持不住，说出实情？也有这个可能吧。
比较靠谱的推论
在同治8年的时候，安庆发生教案。法国驻华公使罗淑亚找到马欣怡。提出惩办凶手、赔偿损失、建造教堂等一系列要求，马新贻答应一律照办。
不但如此，还极力吹捧洋教，要求各地方官厚待、宽待传教士。删除一切禁止洋教传播的条文，奉劝江南百姓，努力学习洋教，现在这块石碑还在安徽省博物馆内，这是事实。
马新贻遇刺不久，南京城立刻爆发了反洋教事件，头领就是曾被马新贻逼走的陈国瑞。他大量印制反洋教宣传品，被马新贻所忌恨，到处抓捕散发传单的义士。
陈国瑞无奈之中经扬州济南等地，率领旧部数百人进入天津，1870年6月，天津发生著名的天津教案，陈国瑞就是有力的参与者。
天津教案的发生，令当时的马新贻愤愤不平，上疏弹劾反洋教的官员，认为天津地方官放任百姓反洋教理应受到惩罚。
当时很多官员都相信刺马案的真正指使人就是那些反洋教势力，因为此人给法方一块大面积无主土地用以盖教堂，在江南各府各县张贴告示，宣扬教会的纯洁正直，承认法国传教士们有权在各省租买田地，建造教堂，斥责反洋教闹事者，声称如果有人胆敢招惹洋教，按律严惩不殆。
罗淑亚察视察后，非常满意马新贻的做法，法国对远东天主教的胜利称之为“漂亮”，天主教会也非常得意，但马新贻的妥协激起了很多国人的不满，别说马新贻顶不住，曾国藩都不行。办理天津教案的时候，不偏袒民众就会受到怒骂。有所妥协，就会受到官员和民众的一致抵制和弹劾，更何况马新贻呢，位置再高也没用。
貌似最完美的答案
☆既然张汶祥不会为马新贻隐瞒遮羞，那就是为自己遮羞，张汶祥要隐瞒自己的什么事情？又有什么事情令他觉得丢脸呢？
两江总督马新贻的师爷曾经留下私人笔记，其中特地记录了两个官方已经掌握，但却在档案中抹除的关键事实：
①太平天国作乱时，马新贻任泸州知府，出城追击敌军，不慎被俘，而当时俘获马新贻的就是捻军头目张汶祥，他并不知道马心怡有这么高的职位，只是发现马新贻的亲兵金彪和自己是同乡，所以就把马新贻和金彪一起放走了，这件事在结案的时候根本没提。②张汶祥的妻子已经做了马新贻的三姨太。
这位三姨太要和谁对号入座呢？
就是传说中张汶祥所供认的-所谓把兄弟曹二虎的美貌妻子，曹二虎的老婆没事，真正有事的是张汶祥自己的老婆，张汶祥曾经打听到妻子下落，当时是在马新贻家做佣人，金彪没敢说实话，只是帮张汶祥给他老婆带了个话，想让妻子跟他回家，但是他的妻子并没有同意，并且拒绝相见，自己老婆的相貌自己清楚，张汶祥预感到了什么，所以因情生恨打算杀死马新贻。
一直到死，张汶祥都不知道妻子已经是马新贻的三姨太了，那个女人又怎么会跟他走呢？而这位三姨太，在马新贻死后也自尽身亡，否则家人知道是他的前老公杀了马新贻，三姨太在这些人手里会死的更惨，当然也有可能是被马新贻的家属杀掉的，马新贻一死，金彪肯定立刻明白死因，并且告诉马新贻家的。
最终结果
结案上报后，很快得到批复，张汶祥凌迟处死，马新贻追加太子少保入贤良祠，属因公殉职，建祠纪念，而张汶祥被我国多地大肆宣扬，称赞他的英雄行为，马新贻的各种传说也公开搬入戏台，官方对此并不禁止。
大多数人把张汶祥描述成英雄好汉，而把马新贻描述成千古罪人，罪不容诛。
民众们对马新贻并不同情，甚至有的乡绅富户，提倡给被捕的张汶祥捐款，帮他打官司，即便张汶祥死掉，也要为他修墓立碑，充分显示了当时民众对清政府统治的厌恶。
