在义和团运动时期，沙俄利用八国联军侵华的混乱局势，以替清廷维持秩序和保护中东铁路为借口，出兵占领了中国东北，并且拒不撤军。东北是清廷的“发祥之地”，他们当然不肯把列祖列宗陵寝之地割让给俄国人。清廷在无力单独驱逐沙俄的情况下，只有诉诸列强，将东北问题国际化。不久，清政府将沙俄拒不撤军的消息透露给了日本及其他列强，列强尤其是日本的介入，使得沙俄“和平独霸东北”的企图落空。1904年2月6日，日本与俄国断绝外交关系;8日，日本海军突袭了旅顺港内的俄舰，日俄战争爆发。作为这场战争最大的利益相关者，清廷选择了“局外中立”。
那么清廷是真的保持中立吗？实际上，在整个日俄战争期间，中国朝廷上下，乃至民间都有一个倾向，那就是希望日本能够打败俄国，甚至清廷还偷偷给日本提供了很多帮助。那么清廷既然已经宣布保持中立，而又去帮助日本呢？
实际上，此时清廷最大敌人并非日本，而是沙俄。此时的沙俄雄踞北方，觊觎中国东北多时，而且借助不平等条约已经拿下了东北外围的大量土地，下一步就是深入东北腹地了。此时的沙俄已经采取了一些列的渗透措施，而此时的清廷完全没有能力对付这头北极熊，假以时日，东北将成为黄俄罗斯。
而屋漏偏逢连夜雨，中日甲午一战，中国战败，被迫与日本签订了不平等条约《马关条约》，其中包括赔偿白银两亿三千万两，割让台湾及其附属各岛屿、澎湖列岛给日本。按说中国和日本应该有深仇大恨，可为什么中国会在日俄战争期间倾向于日本呢？允许他国在本国领土上交战，这无疑是荒谬可耻的，但在当时那个积贫积弱的年代，却是唯一对中国有利的选择。当时清廷自甲午战争后编练的新军因遭八国联军打击而解体。再者，按《辛丑条约》规定，中国须接受为期两年军火禁运的国际制裁，而且由于要赔款，清廷已无粮饷支撑对俄作战 。
当时清廷以张之洞为代表的多数地方督抚主张“联日拒俄”，因为由于中俄接壤，相比日本，俄国对中国的领土威胁更大。而唯独袁世凯要求朝廷在即将爆发的日俄战争中保持“中立”，其理由是：“附俄则日以海军扰我东南，附日则俄分陆军扰我西北，不但中国立危，且恐牵动全球。日俄果决裂，我当守局外。”
这是有极大的深意的，甲午战争后，中国沦为亚洲二流国家。而日本在得到大量战争赔款后，积极发展军事实力，跻身于世界最强国家的行列。此时，中国的清政府已不是日本的对手。日本想要在远东地区称霸，最大的障碍就是来自于雄踞北方的俄罗斯帝国。因此，日本开始改变外交策略，主动对中国示好，并积极向中国提供援助。短短几年时间，中国对日本的态度由极度仇视，转变为亲善友好，日清度过了一段蜜月期。
时中国对俄罗斯帝国的态度，则一直是保持高度警惕的。因为这是我们北方最大敌人，绝对不可以掉以轻心（一定要时刻提防老毛子，即使是现在）。来自俄国的威胁显然要远远高于日本。当时清政府就有官员公开表示“中国久受俄人凌虐，故当日俄战争期中，一般皆怀兄弟急难之义，虽云中立，在精神上和物质上均为日本之助。”虽有宣称严守“中立”，但其实当时的中国还是暗中支持日本的，其主要支援手段包括：
为日军提供情报方面的支持。1903年底，袁从北洋军中挑选数十名精干士官，与日本组成了联合侦探队。直系军阀首领吴佩孚就是因为参加日军的谍报活动，战后被晋升为上尉军衔的，日军授予其勋章。直隶总督府每天还将东北和蒙古的情报通过袁世凯的日本顾问转交日本天津驻屯军司令部。
其实这也是清日俄三国在东北地区的力量平衡，俄国战败，势力范围缩到了东北的最北部，而日本虽然战胜，但是没有从俄国得到真金白银，自己又损失十万士兵，元气大伤。而清国则是拿到了东北地区的一席之地，有了部分的发言权。此外，部分清军直接参与了日军的军事行动。日俄战争爆发之后，清军陆续调往东北者有数万人。这些清军抗俄情绪高涨，参与到了日军的作战行动当中。1904年5月7日，俄军指责“兴京厅以南所扎之华队随同日人攻打俄人”。此外，清廷对日军招募华人义勇队之举，故意采取了听之任之的放任态度。日本在东北收编了以冯德麟为首的土匪组成“东亚义勇军”，这支华人武装与俄军交战64次，仅俄军将校就有12人被他们打死。当时清政府还以红十字会长盛宣怀(当时他是工部左侍郎)名义秘密筹款对日军抚恤。最终日本战胜，清廷借日本之手保住了东北。
