对于跑者在运动中出现膝关节疼痛的影响因素比较多。比如跑步的场地、跑者本身的体重、跑步鞋子是否适合。如果已经做好了热身或者是拉伸，仍然在跑步当中出现了膝关节的疼痛，常见的有以下几种原因。
体重对于跑步过程当中的影响
跑步的过程中下肢与地面产生受力与反作用力，在脚和地面接触的中期，地面对脚的反作用力是自身体重的1.5~5倍。 与地面接触时，下肢承受的压力达到体重的（体重68公斤）250%。 如果是体重比较大的人群，在跑步的过程当中，对于关节的刺激是比较大的。一个68公斤体重的人，下次承受的压力已经达到了体重的250%，那如果是100公斤体重的人，大家可以算一算，下肢需要承受多大的压力？所以建议体重比较大的朋友们，可以根据自己的身高体重测算一下自己的bmI（具体如何测算和标准看下图），如果是属于超重或者是肥胖的程度，运动首选还是要以游泳为主。
髌前脂肪垫炎、髌腱炎是引起跑步过程当中膝前疼痛常见的原因。
说到髌前脂肪垫，可能很多人对这个结构并不是特别的了解，其实髌前脂肪垫，就是位于膝关节前方的一块脂肪团，它有着比较复杂的作用，比如可以匹配膝关节的结构，可以缓冲关节在屈伸过程当中受到的压力，有部分研究认为其还有分泌滑液的作用。
在长期的跑步过程当中，这块脂肪团块非常容易受到运动的刺激而产生无菌性的炎症，导致患者在跑步的过程当中出现膝关节前方的疼痛。如果有跑步过程当中膝关节疼痛的患者可以在家中进行一下自检，最好采取膝关节松弛体位，比如半坐位，用自己的大拇指按压这个位置，如果出现了明显的疼痛，那么很可能存在着炎症，如果将膝盖髌腱绷直按下这个部位没有疼痛，那么就可以证明是明确患有髌前脂肪垫炎。其实这个道理很简单，就是在髌腱松弛的时候我们会触碰到髌前脂肪垫，如果存在炎症，患者就会出现疼痛，而髌腱紧张以后，我们用力也无法触碰到髌前脂肪垫，那么就不会出现疼痛，而如果出现了疼痛可以初步诊断为髌腱炎。
治疗：对于脂肪垫炎的治疗，首先以休息为主，可以辅助局部的冰敷。也可以采用非甾体镇痛药帮助控制疼痛，减轻炎症。冲击波治疗对于脂肪垫炎和髌腱炎有比较好的作用。
如果疼痛确实比较严重，经过以上的保守治疗无法缓解患者的痛苦，那么可以进行局部封闭的治疗（因为存在着感染的风险，建议尽量不要采取这种措施，一般都是经过保守治疗，两个月以上患者疼痛仍然不缓解，医生才会建议做这样的措施）。
鞋子对跑步影响很关键
无论是否有踩屎感，一双跑鞋可以很好的帮助跑者在跑步过程当中缓解踝关节，膝关节以及髋关节受到的压力。有数据研究，有近30~60%的患者出现膝关节疼痛，是因为鞋子的问题。建议跑步的人群绝对不要随便的选择一双鞋就跑步，一定要选择专业的跑鞋。
半月板损伤也会导致跑步膝关节内、外侧疼痛
半月板损伤是跑步人群当中比较常见的一种慢性运动损伤，尤其是一些已经有骨关节改变，比如骨关节炎的患者，这一类人群膝关节内本身软骨就已经有了一定的磨损，对于跑步过程当中缓冲受到的冲击力就不是特别的好，非常容易导致半月板的磨损，有的甚至会出现破裂。建议在跑动过程当中出现明显膝关节疼痛的患者，尤其是膝关节的内侧，出现疼痛的朋友应该进行膝关节核磁的检查，明确半月板是否存在问题。
治疗：经过核磁检查，如果是半月板的一度或者是二度损伤，说明半月板整体的形态还是可以的，是半月板的内部纤维发生了损伤，那么可以采取休息、适当的口服氨糖或者是做一些物理治疗来帮助患者缓解症状。如果是半月板的三度损伤，有可能需要进行关节镜的手术治疗，进行缝合半月板或者是部分切除半月板，才能帮助患者缓解症状。
膝关节内下方疼痛常见的跑者问题是鹅足滑囊炎或者肌腱炎
鹅足？人的关节外面还有鹅的巴掌吗？当然不是了！
鹅足是在我们膝关节内侧三根肌腱的止点，这三根肌腱融合在一块形状比较像鹅的巴掌，所以得名为为鹅足。这三根肌腱与其他的肌腱之见存在着一个小的滑液囊，主要的目的是为了缓冲肌腱之间的摩擦。
在长时间的跑动过程当中，这三根肌腱有可能跟周边的肌腱互相摩擦，或者是和胫骨平台的内缘之间发生摩擦导致出现了无菌性的炎症诱发，比较明显的膝关节内下方的疼痛，我们通常称之为鹅足滑囊炎或者是鹅足肌腱炎。
这种情况通常采用前面所说的冲击波治疗，也会很好的帮助患者缓解疼痛。
总结
从题主的问题来分析，跑步40分钟，本身这个时间是可以的，不是特别的长，而且也做了热身和拉伸，是非常好的预防运动损伤的方式和方法，但是患者仍然出现了明显的膝关节内侧疼痛。出现这种情况，有以上一些可能性，当然这些可能性不是代表着全部的问题，具体明确问题还需要医生详细的查体问诊和辅助检查，一同来判定。先用患者可以咨询当地的运动医学医生或者是骨科医生。
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