黑衣组织的最终目的可能是为了复活背后掌握的真正大佬——乌丸莲耶
日本最为恐怖的人物之一——乌丸莲耶，也是目前来看的黑衣组织的首领，不过还有个更恐怖的消息，他已经死了很多年了…
而根据柯南变小的药水（失败产品）来看，黑衣组织会不会有意识的制作出这样一种死而复生的药物呢？
各国的间谍穿插过来，最后会不会引发一场世界性危机
随着主线剧情的推进，越来越多潜伏着的各国卧底纷纷浮出水面，甚至有种说法，黑衣组织有一半的人是卧底…即使是清理掉一部分之后。
小兰，毛利小五郎或许早就知道柯南是新一的身份了
职业是侦探，但推理能力奇差，需要柯南的暗示才能破解案件，因经常以睡姿推理案情，且屡破奇案，而获得了“沉睡的小五郎”的美誉。
可越看后面越觉得小五郎叔叔不是一个简单的角色，甚至有些时候是犯傻，在柯南第二部剧场版中，也有提到过，一定原因也是因为要保护他的妻子。
小兰在TV版中也多次怀疑柯南，甚至有几集将柯南执意送回他的老家;还好在柯南（新一）爸妈的帮助下又回到了小兰，小五郎身边。
云霄飞车事件伏特加在和谁做交易，做什么交易;为何他们要坐云霄飞车，且和新一同一辆
与黑衣组织的第一次碰面便发生在云霄飞车上，且在新一明锐的侦探推理当中，琴酒也开始注意到他。
新一被打晕之前，模模糊糊的听到了军火交易…可后来因为药水的缘故，变成小孩子的他说出来的话没人相信，这里有个大坑，为什么黑衣组织要和军火贩卖商交易。
琴酒为什么每次想到灰原就是裸着的，还要碎碎念，两人是什么关系
作为同事的灰原背叛组织，得知并没有死掉，琴酒决定将其抓捉是没错，但是有点过头了吧。而且每次都会回忆出灰原的裸背…
朗姆三选一的角色都出现在柯南平时生活的环境中
既然组织的二号人物隐藏那么深，却又在柯南日常生活中不经意出现…其中会不会有什么阴谋呢？
灰原根据她父母的研究下钻研出了药水，且有不完善的解药，为什么不一把制作出完全的
按照灰原与博士两人的智商来说，变小药水的解药只是时间问题，可是却迟迟也不研究出来;只是偶尔灰原会给柯南解药（时间短）撒撒狗粮。
克丽丝·温亚德与莎朗·温亚德是同一人，而后来她是以克丽丝身份出现。所以她的实际年龄应该比工藤有希子还要大，推测在50岁左右，可是她却仍然是29岁左右，美丽迷人。
We can be both of God and the devil.Since we're trying to raise the dead against the stream of time.(我们既是上帝也是恶魔。因为我们要逆转时间的洪流，让死人复生)
这也是她的经典台词之一，其中也能看出组织在操手于关于“复生”的药水（可能？），而她本身的身份也是很神秘的。
最最最恐怖的，如果按照柯南当中的时间观，那么在这一年当中日本死亡率和案件率极高
即使出现那么多凶案，可是警局的职位还是不曾发生过变化，如果是一般的局长，那会不会已经下台了呢？
一年死那么多人…也是，还能被柯南撞到，并且每次都行，也太过巧合了吧。
